Для работы было выбрано семейство LAGLIDADG_1 (PF00961). Выравнивание seed включало 42 последовательностей. Был найден мотив G[FL].[DS][GA]E[GA].F (рис.1) в большей части последоваательнстей. Затем был проведен поиск этого мотива с помощью сервиса MyHits. Обнаружилось 10 находок. Среди них большинство эндонулеаз, в остальном неохарактеризованные протеины, однако предполагается, что они имеют схожую функцию. Судя по колличеству находок данным мотивом обладают конкретные эндонуклеазные белки, возможно мотив отвечает за специфику работы найденых белков
Было построено филогенетическое дерево последовательностей из выравнивания seed с помощью метода NJ.
После чего была выбрана клада выделенная на рисунке 2. По последовательностям составил паттерн мотива [LIV].GF[IVS][DS][GA]E[GA].F.[IVS].
По найденому паттерну осущиствил поиск всех подходящих последовательностей. Мотив был найден только в 6 последоваательнотях клады. Кроме того общее колличество результатов содержащих такой мотив во всем выравнивании тоже 6. Это может говорить о специфисности мотива в выбраной кладе.
AC белка: Q7VDL2.Выполняет функцию ингибитора клеточного деления, блокирующего образование полярных Z-кольцевых перегородок, выделен из Prochlorococcus marinus.
| Номер итерации | Находки выше порога | ID худшей находки выше порога | E-value | ID лучшей находки ниже порога | E-value |
| 1 | 146 | Q9AG20.1 | 0,005 | A8GFG7.1 | 0,005 |
| 2 | 188 | B6JKX0.1 | 7,00e-08 | - | - |
| 3 | 188 | Q9ZM51.1 | 2e-12 | A7H8E6.1 | 0.014 |
| 4 | 189 | A8MHK8.1 | 0.001 | A7H8E6.1 | 0.013 |
| 5 | 189 | A8MHK8.1 | 4e-10 | A7H8E6.1 | 0.009 |
| 6 | 189 | A8MHK8.1 | 3e-09 | A7H8E6.1 | 0.014 |
Результат стабилизировался на 6 итерации. Различие e-value небольшое и далеко от порога в 0.05, кроме того белки от итерации к итерации почти не мнялись. Можно судить о хорошей обособленности группы.
Ожидаемое число TA незначительно отличается от наблюдаемого.