Я выбрал структуру B-формы ДНК и, следовательно, структуру PDB 1bna. Мне было задано азотистое основание тимин,
В сторону большой бороздки обращены атомы [DT]7:A.C4, [DT]7:A.C5, [DT]7:A.C7, [DT]7:A.O4 (7 - номер выбранной позиции, [DT] - дезокситимидин, A - уточнение какая из двух цепей).
В сторону малой бороздки обращены атомы [DT]7:A.C2, [DT]7:A.O2
Остальные атомы ([DT]7:A.C6, [DT]7:A.N1, [DT]7:A.N3) не смотрят ни в одну бороздку, скорее лежат на оси водородных связей.
Таблицу ниже я строил по полученным в задании 1 структурам.
Таблица 1 Параметры A, B и Z-форм ДНК
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.03 | 33.75 | 43.50 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 7.98 ([DC]12:A.P - [DT]23:B.P) | 17.21 ([DC]12:A.P - [DA]26:B.P) | 7.20 ([DG]7:A.P - [DG]17:B.P) |
| Ширина малой бороздки | 16.81 ([DC]12:A.P - [DT]31:B.P) | 11.69 ([DA]18:A.P - [DT]27:B.P) | 16.08 ([DC]4:A.P - [DC]16:B.P) |
Моя структура тРНК: PDB 1g59. Координаты стеблей:
Координаты были получены с использованием этого файла:
Результат работы программ find-pair и analyze