Практикум 3

Задание 1: Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Таблица 1 Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1g59.pdb

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	501-507, 572-566	1-9, 31-23 *	1-7, 71-65
D-стебель	510-513, 525-522	-	9-13, 26-22
T-стебель	549-553, 565-561	34-48, 69-55 *	48-52, 64-60
Антикодоновый стебель	526-532, 544-538	-	27-31, 43-39
Общее число канонических пар нуклеотидов	23	17	22

* С помощью einverted было определено только 2 стебля, не соответствующих реальной структуре

Задание 2: Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Упражнение 1

Ссылки на скрипты приведены ниже:

Скрипт 1 Скрипт 2

Упражнение 2

Таблица 2. Контакты разного типа в комплексе 1ddn.pdb

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	7	60	67
остатками фосфорной кислоты	43	26	69
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	10	43	53
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0

По данным таблицы можно сделать вывод, что белок взаимодействует с остовом (неспецифическое взаимодействие) и основаниями со стороны большой бороздки (специфично), взаимодействия со стороны малой бороздки отсутствуют полностью.

Упражнение 3

Схема представлена по ссылкам ниже:

Упражнение 4

Больше всего контактов (3) с ДНК образует остаток Arg29:

Контакт с ДНК — **Рис. 1** Аргинин 29 образует водородные связи (голубые) и солевой мостик (оранжевый) с фосфатом остова ДНК

Один из наиболее важных для распознавания последовательности ДНК остаток с моей точки зрения - Gln43: