|  главная страница  |  первый семестр  |  второй семестр  |

Описание документа PDB

Выполнение скрипта:

1. Вся структура в шариковой модели. restrict none echo "press Enter for begining" pause select all background white cpk 200 color cpk echo "1. All structure"
2. Структура только белка в остовной модели. restrict none select protein backbone 80 echo "2. Ostovnaya model belka"
3. Структура только белка в ленточной модели модели. restrict none select protein ribbons color structure
4. Изображение всех компонентов структуры. select all wireframe off backbone off cpk off select protein backbone 80 color chain select ligand cpk 200 wireframe 80 color cpk select water cpk 70 color black echo "4. all components"
5. Изображение концевых остатков у одной полипептидной цепи. restrict none select protein and:A backbone 80 color yellow select -7:A or 298:A cpk 250 color cpk wireframe 100 select (within(3.0, *.CA) and 298:A and oxygen) or (-7:A and nitrogen) label .........%a cpk 500 select *.CA and -7:A label....................%n %r set fontsize 10 color label black select *.CA and 298:A label.....................%n %r echo "5. Koncevye ostatki" Изображение концевых остатков белка. N- и С-концевые аминокислотные остатки в шарнирной модели. Аминогруппу N-концевого остатка и атомы кислорода карбоксильной группы С-концевого в шариковой модели (с большим диаметром шариков, чем для остальных атомов).

Дополнительные упражнения

© Gordeyev Mikhail