Описание по файлу PDB (записи HELIX и SHEET) :

• Количество α-спиралей: 11


• Количество β-тяжей: 13
  

Описание по алгоритму DSSP:

• Количество α-спиралей: 12


• Количество β-тяжей: 16


• Количество поворотов: 28


• Тип структуры данного белка: α+β-белок

Вывод:
Чередование α-спиралей и β-слоев не упорядочено. В укладке структур учавствуют α-спирали и β-слои . Поэтому этот белок относится
к α+β-белкам.
Этот тип белков имеет средние значения для радиуса инерции среди четырех типов. Количество структур описанных в PDB файле и вычисленных по Kabsch and Sender's DSSP алгоритму(команда structure) программы RasMol не совпадают.
Т.к. как алгоритм универсальный а структура белка очень сложная, то , я думаю, алгоритм DSSP, дает больше ошибок, так как не учитывает особенностей белка RSGA_BACSU, которые при исследовании были записаны в файл PDB.
Далее хочу узнать почему именно возникают различия в подсчете структур.

α-спираль: Цепь A. Участок 123-141(19 остатков).

антипараллельный β-слой: три соседних антипаралельных β-тяжа: участки (3-10), (13-18), (25-30) цепи A

параллельный β-слой: три соседних параллельных β-тяжа: участки (110-116), (80-86), (166-171) цепи A

Поворот: был выбран реверсивный поворот (19-24) между антипараллельными тяжами (13-18) и (25-30) цепи A, соединенными между собой

Алгоритм DSSP, используемый программой RasMol, определяет на этом участке следующий поворот: 20-24 остатки цепи A.

Рисунок1. Остов выбранной α-спирали представлен в толстой проволочной модели ( wireframe 50) с раскраской по атомам; показаны водородные связи между атомами остова(черный цвет); около каждого атома Сα указан номер остатка

Рисунок 2. Уменьшена толщина проволочной модели, добавлены атомы Сβ в виде небольших красных шариков, соединенных тонкими линиями с атомами Сα

Спираль имеет правильную форму. Все Cβ располагаются снаружи спирали И напрвлены к N-концу спирали(кроме Cβ концевых остатков спирали). Паттерн водородных связей: i+4(по изображению видно, что каждый i-й остаток(i ∈ [123;137]) спирали соединен с (i+4)-м остатком).

Остовная модель(backbone). Около каждого атома Сα. Имя остатка и его номер.

Выбранный поворот(4 остатка) — Ser20Glu21Asp22Ser23

В данном повороте программа RasMol не показывает водородную связь.