Паттерны и профили

1. Создание паттернов аминокислотных последовательностей






Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	M-P-E-G-K-I-I-K-A-L-S-G-F-Y-Y-V-L-D-E	3	нет
Сильный	M-[QALP]-[ET](0,1)-G-[KQR]-I-I-[KR]-[AS]-L-[SA]-G-F-Y-[YD]-V-[LQEF]-[SD]-[ED]	17	да
Слабый	G-[KQR]-I-I-[KRH]-[AS]-L-[SA]-G-F-Y-[YDF]-V	19	да

2. 
   
   Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке RSGA_BACSU
   
   
   
   

   Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
   PS50936	ENGC_GTPASE	EngC GTPase domain profile	профиль	CNVDQAVLVFSAVQPSFSTALLDRFLVLVEANDIQPIICITKMDLIEDQDTEdTIQAYAE DYRNIGYDVYLTSSKDQDSLADIIPHFQDKTTVFAGQSGVGKSSLLNAISPELGLRTNEI SEHLGRGKHTTRHVELIHTS-GGLVADTPGFS	да	1
   PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Protein kinase C phosphorylation site	паттерн	[ST]-X-[KR]	нет	4
   PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Casein kinase II phosphorylation site	паттерн	[TS]-X-X-[DE]	нет	6
   PS00017	ATP_GTP_A	ATP/GTP-binding site motif A (P-loop)	паттерн	G-X-X-X-X-G-K-S (GqsgvGKS)	нет	1
   PS00008	MYRISTYL	N-myristoylation site	паттерн	G-[GILMV]-X-X-[SNA]-SED	нет	3