Practice 12

Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.

  1. Доменная структура RSGA_BACSU по данным Pfam.

    Cхема из Pfam:
    Cхема из Pfam
    Пояснения к схеме
    № Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов
    		 Положение в последовательности белка RSGA_BACSU Клан
    1. PF03193 DUF258 Protein of unknown function, DUF258
    Белок неизвестной функции     		130–289 Клан AAA (CL0023), содержит 142 семейства,
    P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase superfamily
    Суперсемейство нуклеозидтрифосфатгидролаза, содержащее P-loop(P-петля)


  2. Описание частоты и встречаемости в различных организмах доменов белка RSGA_BACSU

    Представленность домена PF03193 в организмах разных видов

    Таксон
    Количество белков с доменом PF03193.
    Эукариоты (46) Зеленые растения 15
    Грибы 0
    Животные 7
    Остальные эукариоты 24
    Бактерии 1238
    Археи 8

  3. Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

    № PFAM ID Bacillus subtilis
    1. PF03193 RSGA_BACSU

  4. Доменные перестройки

    There are 2 sequences with the following architecture: ABC2_membrane, PDR_CDR, DUF258, ABC2_membrane
    Q07324_YEAST [Saccharomyces cerevisiae (Baker's yeast)] ATP dependent permease (Yeast homolog) (1006 residues)
    Ex.1
    		Домен может располагаться в середине цепи.
    There are 4 sequences with the following architecture: DUF258 x 2
    Q47SI6_THEFY [Thermobifida fusca (strain YX)] Putative uncharacterized protein (353 residues)
    Ex.2
    		Домен может дублироваться.
    There are 4 sequences with the following architecture: ABC_membrane, DUF258
    Q7P4Z0_FUSNV [Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii ATCC 49256] Export ABC transporter (424 residues)
    Ex.3
    		Домен может располагаться в конце цепи.
    There are 2 sequences with the following architecture: DUF258, ABC_tran
    A5IY59_MYCAP [Mycoplasma agalactiae (strain PG2)] ABC transporter, ATP-binding protein (303 residues)
    Ex.4
    		Домен может располагаться в начале цепи.


  5. msf выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена заданного белка

  6. Сравнение описаний мотивов в разных БД.


    InterPro
    • Сигнатура MF_01820 занимает почти всю длину (2 - 295)
    • Сигнатуры SSF50249, G3DSA:2.40.50.190, G3DSA:1.10.40.50 - Длина 65-68
    • Границы структурных доменов отличаются от границ доменов Pfam, но не сильно.