Программа MEME

1. Задание 1

   
   memeout.txt
   Найдено три мотива.
   
   

   Последовательность	Наличие мотивов в последовательностях	Мотив 1			Мотив 2			Мотив 3
   		Координаты	Отн. энтропия	P-value	Координаты	Отн. энтропия	P-value	Координаты	Отн. энтропия	P-value
   RSGA2_LISIN	1, 2 и 3	170-219	5.2e-101	1.01e-52	242-291	1.3e-095	2.92e-52	67-126	2.1e-093	5.71e-53
   RSGA_BACSU		177-226		1.4e-53	249-298		2.22e-52	71-120		3.43e-54
   RSGA_GEOSW		172-121		1.9e-53	244-293		9.51e-50	67-126		1.56e-52
   RSGA2_OCEIH		172-121		4.2e-53	244-293		5.49e-54	67-126		1.08e-51
   RSGA_LACSS		174-123		6.2e-52	246-295		1.84e-50	68-127		2.60e-49
   RSGA_STRP1		162-211		2.3e-52	234-283		2.89e-51	66-125		1.01e-50

2. Задание 2
   msf
   
   Мотив 1:
   
   Мотив 2:
   
   Мотив 3:
   
   
3. Задание 3
   
   mastout.html
   1. В 73 из 74 последовательностей seed.fasta нашёлся первый мотив.
      В 1 последовательности нашелся второй мотив.
      Третьего мотива нет
   2. Т.к. seed'ы короче последовательностей белков, второй и третий мотив практически не встречаются - они попадают в "отрезанные" участки.