Practice 2

Поисковые системы

  1. Сравнение поисковых систем
    • В Mrs информация о вторичных структурах (включая номера а.о.). Нет иллюстраций. Последовательность записана в формате PIR
    • Srs дополнительно включает илююстрацию. Имеются различные форматы записи последовательности
    • UniProt содержит иллюстрацию. Информации меньше. Форматы Fasta и Pir.

  2. Taxonomy
    1. gammaproteobacteria(class), Gambusia(genus), Gammaherpesvirinae(subfamily)
    2. Gammaproteobacteria(Class)
    3. [swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*] found 120605 entries

  3. Запросы к банку SwissProt (Putative ribosome biogenesis GTPase)

    Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
    Putative ribosome biogenesis GTPase (([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*] & [swissprot-Description:Putative*]) & [swissprot-Description:ribosome*] & [swissprot-Description:biogenesis*] & [swissprot-Description:GTPase*]) 106
    GTPase ([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*] & [swissprot-Description:GTPase*]) ) 487
    modification GTPase (([swissprot-Description:modification*] & [swissprot-Description:GTPase*]) | [swissprot-Description:modification GTPase*])) 178


  4. modification GTPase