Задание 3.1 (тимин)
- В сторону большой бороздки обращены атомы t27.o4, t27.c5m
- В сторону малой бороздки обращены атомы t27.o2
- Остальные атомы основания t27.n1, t27.c2, t27.n3, t27.c4, t27.c5, t27.c6
Задание 3.2
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28,03 | 33,75 | 43,5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 16,81 | 17,91 | 17,60 |
| Ширина малой бороздки | 7,98 | 11,69 | 7,20 |
Задание 3.3
| Углы | α | β | γ | δ | ε | ξ | χ |
| А-форма Презентация |
-62 | 173 | 52 | 88 или 3 | 178 | -50 | -160 |
| А-форма RasMol |
-51.71 | 174.79 | 41.72 | 79.08 | -147.78 | -75.12 | -157.20 |
| B-форма Презентация |
-63 | 171 | 54 | 123 или 131 | 155 | -90 | -117 |
| B-форма RasMol |
-29.87 | 136.38 | 31.10 | 143.42 | -140.77 | -160.52 | -97.95 |
Задание 4.1
| base | α | β | γ | δ | ε | ξ | χ | |
| 1 | G | --- | --- | 64,4 | 144,5 | -176,1 | -109,5 | -121,3 |
| 2 | T | -67,2 | -173,2 | 54,9 | 128,9 | -177,1 | -93,7 | -111,8 |
| 3 | T | -47,1 | -179 | 36,3 | 139,6 | -153,3 | -123,4 | -96,5 |
| 4 | A | -48,4 | 161,7 | 35,8 | 145,9 | -163 | -84,8 | -77 |
| 5 | C | -95,7 | 71 | 178,3 | 125,3 | -149,8 | -68,9 | -171,3 |
| 6 | T | -83,7 | -175,2 | 40,9 | 123,6 | -168 | -107,4 | -109,5 |
| 7 | T | -43,9 | 177,7 | 29,4 | 125,7 | -163,8 | -118,9 | -112,2 |
| 8 | C | -33,8 | 163,9 | 31,5 | 137 | -147 | -129 | -104,7 |
| 9 | A | -44 | 152 | 41,8 | 142,3 | -176,3 | -62,2 | -78,2 |
| 10 | C | -124,2 | 66,1 | 173,2 | 134,2 | -157,1 | -83,5 | -151,7 |
| 11 | T | -59,6 | -177,7 | 48,1 | 134,4 | -175,8 | -101,6 | -107,1 |
| 12 | T | -51,9 | -179,7 | 36,6 | 146,9 | --- | --- | -90,1 |
| 1 | C | 15,2 | -144,3 | -62,7 | 148,5 | --- | --- | -108,1 |
| 2 | A | -64,1 | 135,2 | 54,7 | 136,6 | -161,3 | -97,6 | -109,2 |
| 3 | A | -56,9 | 161,4 | 44,2 | 145,5 | -127 | 179,5 | -81,1 |
| 4 | T | -48,6 | -178,2 | 36,9 | 140,3 | -151,2 | -115,8 | -104,8 |
| 5 | G | -37 | 174,2 | 39,8 | 130,7 | -170,8 | -110,8 | -118,5 |
| 6 | A | -46,9 | 168,1 | 41,9 | 133,7 | -175,8 | -118,9 | -117,3 |
| 7 | A | -26,1 | 155,4 | 27,3 | 136 | -177 | -111,7 | -98 |
| 8 | G | -58,9 | 170,8 | 43,2 | 137,1 | -173,2 | -132,5 | -84,1 |
| 9 | T | -48,6 | -177,9 | 37,8 | 130,3 | -158 | -106,3 | -113,1 |
| 10 | G | -45 | 163,5 | 43,2 | 140,2 | -173,6 | -107,7 | -114,6 |
| 11 | A | -78,7 | 176,1 | 58,4 | 142,4 | -160,7 | -152 | -99,4 |
| 12 | A | --- | 124,3 | 56,3 | 137,9 | -176,7 | -95,5 | -101,1 |
| среднее | -57,92 | 51,795 | 54,88 | 135,485 | -162,99 | -92,36 | -108,005 |
Задание 4.2
Акцепторный стебель
1 (0.004) B:...1_:[..G]G-----C[..C]:..72_:B (0.003) |
2 (0.007) B:...2_:[..G]G-----C[..C]:..71_:B (0.005) |
3 (0.004) B:...3_:[..G]G-----C[..C]:..70_:B (0.004) |
4 (0.003) B:...4_:[..C]C-----G[..G]:..69_:B (0.012) |
5 (0.004) B:...5_:[..A]A-----U[..U]:..68_:B (0.005) |
6 (0.005) B:...6_:[..G]G-----C[..C]:..67_:B (0.006) |
7 (0.007) B:...7_:[..G]Gx----C[..C]:..66_:B (0.003) |
T-стебель
8 (0.003) B:..49_:[..G]G-----C[..C]:..65_:B (0.006) |
9 (0.009) B:..50_:[..C]C-----G[..G]:..64_:B (0.006) |
10 (0.003) B:..51_:[..U]U-----A[..A]:..63_:B (0.007) |
11 (0.003) B:..52_:[..G]G-----C[..C]:..62_:B (0.004) |
12 (0.010) B:..53_:[..G]G----xC[..C]:..61_:B (0.005) |
Дополнительная петля
15 (0.005) B:..47E:[..G]G-----C[..C]:..47_:B (0.006) |
16 (0.004) B:..47F:[..C]C-----G[..G]:..46_:B (0.006) |
17 (0.002) B:..47G:[..C]C----xG[..G]:..45_:B (0.010) |
18 (0.009) B:..47H:[..U]U-*---A[..A]:..20B:B (0.015) |
19 (0.008) B:..47I:[..U]U-*--xA[..A]:..21_:B (0.008) |
35 (0.011) B:..47A:[..G]G-**--U[..U]:..47B:B (0.004) +
D-стебель
24 (0.005) B:..23_:[..G]G-----C[..C]:..12_:B (0.010) |
25 (0.005) B:..24_:[..G]G-----C[..C]:..11_:B (0.006) |
26 (0.006) B:..25_:[..G]G----xC[..C]:..10_:B (0.007) |
Антикодоновый стебель
27 (0.007) B:..26_:[..G]G-*---U[..U]:..44_:B (0.011) |
28 (0.008) B:..27_:[..A]A-----U[..U]:..43_:B (0.007) |
29 (0.007) B:..28_:[..C]C-----G[..G]:..42_:B (0.008) |
30 (0.007) B:..29_:[..G]G-----C[..C]:..41_:B (0.006) |
31 (0.009) B:..30_:[..G]G-----C[..C]:..40_:B (0.003) |
32 (0.007) B:..31_:[..U]U----xA[..A]:..39_:B (0.006) |
Стабилизирующие структуру
13 (0.011) B:..54_:[5MU]u-**-xA[..A]:..58_:B (0.006) |
14 (0.045) B:..55_:[PSU]Px**+xG[..G]:..18_:B (0.004) x
20 (0.006) B:..48_:[..C]Cx**+xG[..G]:..15_:B (0.008) x
21 (0.005) B:..19_:[..G]Gx---xC[..C]:..56_:B (0.005) +
22 (0.004) B:...8_:[..U]U-**--A[..A]:..14_:B (0.006) |
23 (0.017) B:...9_:[..U]Ux**--G[..G]:..13_:B (0.009) |
33 (0.004) B:..32_:[..C]C-*---A[..A]:..37_:B (0.010) |
34 (0.007) B:..33_:[..U]Ux*--xA[..A]:..36_:B (0.009) x
Неканонические пары оснований
18 (0.009) B:..47H:[..U]U-*---A[..A]:..20B:B (0.015) |
19 (0.008) B:..47I:[..U]U-*--xA[..A]:..21_:B (0.008) |
35 (0.011) B:..47A:[..G]G-**--U[..U]:..47B:B (0.004) +
27 (0.007) B:..26_:[..G]G-*---U[..U]:..44_:B (0.011) |
13 (0.011) B:..54_:[5MU]u-**-xA[..A]:..58_:B (0.006) |
14 (0.045) B:..55_:[PSU]Px**+xG[..G]:..18_:B (0.004) x br>20 (0.006) B:..48_:[..C]Cx**+xG[..G]:..15_:B (0.008) x
21 (0.005) B:..19_:[..G]Gx---xC[..C]:..56_:B (0.005) +
22 (0.004) B:...8_:[..U]U-**--A[..A]:..14_:B (0.006) |
23 (0.017) B:...9_:[..U]Ux**--G[..G]:..13_:B (0.009) |
33 (0.004) B:..32_:[..C]C-*---A[..A]:..37_:B (0.010) |
34 (0.007) B:..33_:[..U]Ux*--xA[..A]:..36_:B (0.009) x
Задание 4.3
Наибольшее перекрывание step 12.
