Задание 1. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре.
1.2. Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1PP7.pdb (Скрипт)
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 2 | 22 | 24 |
| остатками фосфорной кислоты | 4 | 11 | 15 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 1 | - | 1 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | - | 5 | 5 |
1.3.
|
|
1.4.
а) Аспарагин Asn81.б) Аспарагин Asn81. Данный остаток на участке связывается с двумя азотистыми основаниями.
Задание 2
Картинка с предсказанием вторичной структуры по алгоритму Зукера:
Используя программу mfold SEQ=1PP7.fasta P=15 я получил различные предсказания вторичной структуры по алгоритму Зукера, меняя параметр P (который показывает на сколько процентов выдаваемые предсказания структуры могут отличаться по своей вычисленной энергии от оптимального). Но не одна картинка не содержала четыре стебля и V-петлю.
Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1PP7.pdb
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) |
Результаты предсказания с помощью einverted |
Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5' 1-7 3' 5' 66-72 3' Всего 7 пар |
7 | 6 |
| D-стебель | 5' 10-12 3' 5' 23-25 3' Всего 3 пары |
0 | 0 |
| T-стебель | 5' 49-53 3' 5' 61-65 3' Всего 5 пар; |
0 | 0 |
| Антикодоновый стебель | 5' 26-31 3' 5' 39-44 3' Всего 6 пар |
0 | 0 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 21 | 7 | 6 |