[на главную] [четвёртый семестр]

Эволюция доменной архитектуры






    1. Выбранный домен.

    Выбрал домен, котрый содержится в моем белке 1t9h: DUF258 (Domain of unknown function).

    AC: PF03193

    Содержится в 22 различных доменных архитектурах.



    Выравнивание(jar)


    2. Две архитектуры, включающие этот домен.

    DUF258



    DUF258, ABC_tran



    3. Сравниваемые таксоны

    Выбранные представители

    Так как подавляющее большинство представителей моего домена имеют однодоменную архетиктуру (2916 ), представители второй выбранной архитектуры (два домена) были взяты все (9 штук). Еще был взят представитель другой архитектуры, т.к. он принадлежал таксону не представленному в выбранных архитектурах (Viruses). Два выбранных представителя однодоменной архитектуры имеют 3D-структуру. Один из них - мой белок.

    ОбозначениеРасшифровка
    1Однодоменная архитиктура
    2Двудоменная архитиктура
    X Другая архитектура
    Euk Eukaryota
    BacBacteria
    ArcArchea
    VirViruses
    F Firmicutes
    P Proteobacteria
    C Cyanobacteria
    Ac Actinobacteria
    Aq Aquificae
    V Viridiplantae
    Al Alveolata
    M Metazoa
    D Diplomonadida
    F Fungi
    Am Amoebozoa




    7. Деревья.

    С помощью программы fprotdist были оценены эволюционные расстояния и с помощью алгоритмов UPGMA и Neighbor-Joining (программа fneighbor) построены деревья.

    Neighbor-Joining:(file)





    UPGMA:(file)





    На обоих деревьях явно происходит разделение на ветви зависимости от доменной архитектуры. Поэтому можно выдвинуть следующие версии:
    1. Обе архитектуры появились у общего предка и изменения произошли еще у него.
    2. Данные архитектуры видимо и-за функциональной нагрузки требовали от домена похожих изменений.

    При рассмотрении первой версии смущает, то что вторая архитектура(двудоменная) довольно редка(9 представителей). Поэтому также нужно ответить на вопрос, почему она редка. Можно было бы предположить, что она модифицировалась в еще какую-нибудь архитектуру, но второй домен нее встречается ни в одной другой архитектуре совместно с выбранным.

    Профили.

    Профиль для первой архитектуры и Профиль для 2-й архитектуры.

    Графики зависимости количествава FN и FP ошибок от порога для 1-го и 2-го профиля соответственно.

    Профиль 1:



    На графике видно, что когда FP ошибка начинает принимать значение 0, число ошибок FT равно 15. Но если рассмотреть дерево, то можно увидеть, что оставшиеся 12 последовательностей образуют хорошую ветвь. И я полагаю, что изначально нужно эту группу выделить и создать именно для нее профиль.



    Профиль 2:



    Поиск при помощи полученных профилей по банку SwissProt..

    Выравнивания




© Gordeyev Mikhail