- Дано:
- Фермент: CLAT_HUMAN
-
1. Сбор информации о ферменте CLAT_HUMAN.
Choline O-acetyltransferase (холин O-ацетилтрансфераза) EC=2.3.1.6
Другие названия: choline acetylase; choline acetyltransferase
Класс: EC 2 Transferases - трансферазы - отдельный класс ферментов, катализирующих перенос функциональных групп и молекулярных остатков от одной молекулы к другой.
Подкласс: EC 2.3 Acyltransferases - ацилтрансфераза - фермент, тип трансферазы, переносящей ацильную группу на молекулу субстрата.
Подподкласс: EC 2.3.1 Transferring groups other than amino-acyl groups - Передающие группы, кроме амино-ацил
Схема реакции: Acetyl-CoA + choline <=> CoA + O-acetylcholine
-
2. Определение того, насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями с CLAT_HUMAN
С помощью SRS получен список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс = 2.
Файлы: fasta и txt-таблица
Найдено белков класса 2: 1366
Найдено белков подкласса 2.3: 174
Найдено белков с классификацией EC 2.3.1: 154
Найдено белков с классификацией EC 2.3.1.6: 1 (CLAT_MOUSE)
Пользуясь программой blastp, нашел среди белков, найденных в предыдущем пункте, сходные по последовательности с ферментом CLAT_HUMAN. Порог по e-value = 10.
Нашлось 453 белков, из них, по моему мнению, можно считать достоверными гомологами 7 последовательностей с высоким процентом перекрывания и низким E-value(не более 10 в минус 63 степени).
| Белок | Total score | EC |
| CLAT_MOUSE | 1150 | 2.3.1.6 |
| CACP_MOUSE | 499 | 2.3.1.7 |
| OCTC_MOUSE | 265 | 2.3.1.137 |
| CPT1A_MOUSE | 254 | 2.3.1.21 |
| CPT1B_MOUSE | 248 | 2.3.1.21 |
| CPT2_MOUSE | 247 | 2.3.1.21 |
| CPT1C_MOUSE | 216 | 2.3.1.21 |
| BRSK2_MOUSE | 30.4 | 2.7.11.1 2.7.11.26 |