- Дано:
- Белок: RSGA_BACSU | 1T9H
-
1. Опишите структуры 3х альфа-спиральных ТМ белков и 3х ТМ бета-баррелей.
- Топологический домен 1 – 45 - цитоплазматический.
- Трансмембранный участок 46 – 69 - спираль.
- Toпологический домен 70 – 425 - внеклеточный.
- Tрансмембранный участок 426 – 452 - спираль.
- Toпологический домен 453 – 522 - Цитоплазматический.
Таблица 1. Описание трансмембранных белков с известной 3D структурой |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDB код | Тип
(спираль, баррель) |
Число цепей,
образующих одну ТМ единицу (баррель или набор спиралей) |
Число трансмембранных участков в ТМ единице | Число остатков в одном трансмембранном участке
(типичное, минимальное, максимальное) |
Толщина мембраны в ангстремах | Наклон спиралей/тяжей к нормали | Какая мембрана, организм, "код транспортера", функция белка |
| 1PY6 | Спираль | 1 | 7 | 19,1; 20; 28 | 29.6 ± 2.2 | 24 ± 8 | Мембрана архей
Halobacterium halobium Код транспортера: 3.E.1.1.1 |
| 1A91 | Спираль | 1 | 1 | 27; 25; 29 | 36.1 ± 6.7 | 21 ± 3 | Внутренняя мембрана грам-отрицательных бактерий
Escherichia coli 3.A.2.1.1 |
| 1IJD | Спираль | 18 | 18 | 19,5; 19; 20 | 29.8 ± 0.7 | 0 ± 0 | Внутренняя мембрана Rhodopseudomonas acidophila 5.B.4 |
| 1QJP | Баррель | 1 | 8 | 10,4; 9; 12 | 25.4 ± 1.5 | 11 ± 1 | Наружняя мембрана
Escherichia coli Код транспортера: 1.B.6.1.1 |
Мой комментарий: сложно делать какие-то выводы на таком небольшом количестве данных, но могу предположить, что наружняя мембрана тоньше наружной(в моем случае 25 ангстрем). Внутренняя тольще и толщина заметно превышает 25 ангстрем.
На один аминокислотный остаток в альфа-спирали приходится примерно полтора ангстрема, а в бета-тяже около двух с половиной.
2. Аннотируйте трансмембранные участки белка Q7T1N4
PDB код гомолога: 2QTS
Данные Uniprot:
Участки:
Результат TMHMM:
# sp_Q7T1N4_ASIC1_OPSTA Length: 522
# sp_Q7T1N4_ASIC1_OPSTA Number of predicted TMHs: 1
# sp_Q7T1N4_ASIC1_OPSTA Exp number of AAs in TMHs: 39.24383
# sp_Q7T1N4_ASIC1_OPSTA Exp number, first 60 AAs: 16.15824
# sp_Q7T1N4_ASIC1_OPSTA Total prob of N-in: 0.97604
# sp_Q7T1N4_ASIC1_OPSTA POSSIBLE N-term signal sequence
sp_Q7T1N4_ASIC1_OPSTA TMHMM2.0 inside 1 44
sp_Q7T1N4_ASIC1_OPSTA TMHMM2.0 TMhelix 45 67
sp_Q7T1N4_ASIC1_OPSTA TMHMM2.0 outside 68 522
Выравнивание(jar)
Участки описанные в Uniprot и предсказанные довольно сильно совпадают.
TMHMM предсказал только одну спираль, но на графике составленном им четко выражен сигнал от второй. Возможно, нужно как-то изменить настройки, чтобы TMHMM прогнозировал точнее.
© Gordeyev Mikhail