| Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| NH(3)-dependent NAD(+) synthetase | NADE_ECOLI | NADE_BACSU | 734.5 | 54.0 | 69.9 | 5 | 1 |
| Acyl carrier protein | ACP_ECOLI | ACP_BACSU | 216.0 | 60.3 | 71.8 | 1 | 0 |
| Elongation factor P | EFP_ECOLI | EFP_BACSU | 375.0 | 41.5 | 57.4 | 3 | 1 |
| Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| NH(3)-dependent NAD(+) synthetase | NADE_ECOLI | NADE_BACSU | 734.5 | 54.2 | 70.2 | 4 | 1 | 99.6% | 100% |
| Acyl carrier protein | ACP_ECOLI | ACP_BACSU | 216.0 | 61 | 72.7 | 0 | 0 | 98.7% | 100% |
| Elongation factor P | EFP_ECOLI | EFP_BACSU | 381.0 | 43.3 | 60.0 | 0 | 0 | 95.7% | 97.3% |
В качестве пары белков с разными мнемониками функций были выбраны CAS1_ECOLI(CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза гена Cas1) и BOFA_BACSU(Cигма-К фактор регуляции процессинга BofA). Эти белки не имеют функциональной связи, и логично предположить, что они разного происхождения. Результаты выравниваний также на это указывают: проценты идентичности как глобального, так и локального выравниваний меньше 25%, у выравниваний низкий вес, большое количество гэпов.
| Таблица 3. Парное выравнивание негомологичных белков | Protein Name 1 | Protein Name 2 | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Глобальное выравнивание | ||||||||||
| CRISPR-associated endonuclease Cas1 | Sigma-K factor-processing regulatory protein BofA | CAS1_ECOLI | BOFA_BACSU | 19.5 | 9.1 | 13.4 | 248 | 10 | - | - |
| Локальное выравнивание | ||||||||||
| CRISPR-associated endonuclease Cas1 | Sigma-K factor-processing regulatory protein BofA | CAS1_ECOLI | BOFA_BACSU | 29.0 | 22.4 | 43.1 | 18 | 4 | 15.7% | 57.5% |
Было произведено множественное выравнивание 7 белков с мнемоникой функции ACP(рекомендованное полное имя белка для ECOLI: Acyl carrier protein).
Всего нашлось 532 белка, были выбраны белки с идентификаторами ACP_ANAVA, ACP_PSESM, ACP_OCELI, ACP_RHIME, ACP_SACEN, ACP_ECOLI и ACP_BACSU.
Выравнивание было сделано на сайте UniProt, программой Clustal Omega. Я отметила галочками выбранные идентификаторы, нажала кнопку Align, а затем сохранила выравнивание в FASTA формате.
Белок ACP_SACEN довольно таки сильно отличается от остальных, он также является наиболее длинным. Можно выделить несколько полностью консервативных участков с номерами столбцов: 8, 18, 35-36, 39-42, 44-47,51,53,66 и 68-69. Наиболее консервативным участком является область 35-51.
В целом можно с уверенностью предположить, что белки явлются гомологичными.
Проект выравнивания доступен по ссылке