Практикум 2. Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК
Задание 1.
В результате выполнения задания с помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-формы ДНК.
Последовательность одной из цепей: 5 раз повторенная gatc.
скачать файл по ссылке
скачать файл по ссылке
скачать файл по ссылке
Задание 2.
Для выполнения данного задания была выбрана структура 1bna и азотистое основание тимин [DT]8.
- В сторону большой бороздки обращены атомы: t8.c4, t8.c5, t8.c6, t8.c7, t8.o2
- В сторону малой бороздки обращены атомы: t8.n1, t8.c2, t8.o2, t8.n3
| Сравнение различных структур ДНК | |||
|---|---|---|---|
| А-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28,03 | 33,75 | 36,35 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 10 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 18,5 ([DT]39:B.P - [DA]6:A.P) | 20,58 ([DG]5:A.P - [DT]31:B.P или [DA]6:A.P - [DA]30:B.P) | 23,51 ([DC]12:B.P - [DC]4:A.P) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 9,63 ([DG]1:A.P - [DG]33:B.P) | 13,2 ([DT]27:B.P - [DT]19:A.P) | 20,07 ([DC]10:A.P - [DC]18:B.P) |
Задание 3
Был проведен анализ торсионных углов, водородных связей и стэкинг-взаимодействий структуры 1gts (STRUCTURAL BASIS FOR TRANSFER RNA AMINOACYLATION BY ESCHERICHIA COLI GLUTAMINYL-TRNA SYNTHETASE) при помощи программ find_pair и analyze.
Упражнение 1
В файле представлены значения торсионных углов нуклеотидов.
Данные значения наиболее близки к А форме ДНК.
Упражнение 2
Файл, содержащий информацию о водородных связях, доступен по ссылке
- Координаты стеблей вторичной структуры: (2-7, 71-66); (49-53, 65-61); (37-44, 33-26); (10-12, 25-23)
- Координаты неканонических пар оснований: U54 - A58; U55 - G18; A37 - U33; U38 - U32; C44 - A26; A13 - A45; A14 - U8; G15 - C48
- Дополнительные водородные связи: G19 - C56 — изолированная пара оснований; U54 - A58; U55 - G18; A13 - A45; A14 - U8; G15 - C48
Упражнение 3
Данные о величинах площадей перекрывания 2-х последовательных пар оснований представлены в файле
Наибольшее значение площади перекрывания наблюдается для пар под номером 11 (GU/AC - 11.38), наименьшее - для пар под номером 21 (CG/CA - 1.74).
Изображение стэкинг-взаимодействия для 11 структуры, полученное с помощью программы stack2img, представлено ниже.
