Практикум 1 – 2. Построение филогенетического дерева бактерий.
a) Отобранные бактерии
В данной таблице представлены названия и мнемоники 7 видов актинобактерий, выбранных для построения дерева.
| Название | Мнемоника |
|---|---|
| Bifidobacterium longum | BIFLO |
| Rhodococcus jostii | RHOJR |
| Rubrobacter xylanophilus | RUBXD |
| Thermobifida fusca | THEFY |
| Streptomyces avermitilis | STRAW |
| Clavibacter michiganensis | CLAMS |
| Leifsonia xyli | LEIXX |
b) Скобочная формула
((((STRAW,THEFY),((LEIXX,CLAMS),BIFLO)),RHOJR),RUBXD);
c) Изображение дерева
d) Нетривиальные ветви
Дерево содержит четыре нетривиальные ветви:
- {LEIXX, CLAMS} vs {BIFLO, STRAW, THEFY, RHOJR, RUBXD}
- {LEIXX, CLAMS, BIFLO} vs {STRAW, THEFY, RHOJR, RUBXD}
- {STRAW, THEFY} vs {LEIXX, CLAMS, BIFLO, RHOJR, RUBXD}
- {LEIXX, CLAMS, BIFLO, STRAW, THEFY} vs {RHOJR, RUBXD}
e) Таксоны бактерий
| Мнемоника | Таксономия |
|---|---|
| BIFLO | cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Bifidobacteriales; Bifidobacteriaceae; Bifidobacterium |
| RHOJR | cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Corynebacteriales; Nocardiaceae; Rhodococcus |
| RUBXD | cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Rubrobacteria; Rubrobacterales; Rubrobacteraceae; Rubrobacter |
| THEFY | cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Streptosporangiales; Nocardiopsaceae; Thermobifida |
| STRAW | cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Streptomycetales; Streptomycetaceae; Streptomyces |
| CLAMS | cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Micrococcales; Microbacteriaceae; Clavibacter |
| LEIXX | cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Micrococcales; Microbacteriaceae; Leifsonia |
Нетривиальная ветвь {LEIXX, CLAMS} выделяет семейство Microbacteriaceae.