A-, В- и Z- формы ДНК. Структура РНК
1
С помощью команды fiber из пакета 3DNA были получены структуры A-, B-, Z- форм ДНК с последовательностью GATC, повторенной 5 раз.
Команды:
fiber -a -seq=GATC -repeat=5 gatc-a.pdb;
fiber -b -seq=GATC -repeat=5 gatc-b.pdb;
fiber -z -seq=GATCGATCGATCGATCGATC gatc-z.pdb
2
Была рассмотрена экспериментальная структура 1BNA (B-форма ДНК) в JMol. С помощью MarvinSketch отображена структура цитозина. Цветом обозначено, какими атомами цитозин (конкретно, цитозин 9) обращен к малой и большой бороздкам.
Таким образом, в сторону большой бороздки обращены атомы C9.C4, C9.C5, C9.C6. В сторону малой бороздки обращены C9.N1, C9.C2, C9.N3.
| A | B | Z | |
|---|---|---|---|
| тип спирали | правая | правая | левая |
| шаг (ангстрем) | 28.03 | 33.75 | 43.5 |
| число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| ширина большой бороздки | 7.98 (23:B.P - 12:A.P) | 17.21 (6:A.P - 32:B.P) | 8.68 (37:B.P - 9:A.P) |
| ширина малой бороздки | 16.81 (11:A.P - 32:B.P) | 11.69 (31:B.P - 14:A.P) | 15.17 (8:A.P - 33:B.P) |
Структура цитозина. Красным цветом обозначено обращение атома к большой бороздке, синим - к малой.
3
Исследуемая тРНК имеет PDB 1F7V. Типичные значения торсионных углов для различных форм ДНК были найдены с помощью программ find_pair и analyse пакета 3DNA:
Структура тРНК наиболее схожа по торсионным углам с A-формой ДНК.
тРНК
Нумерация нуклеотидов начинается с 901 номера, так как PDB содержит и структуру аргинил-тРНК синтетазы. Далее будет использоваться другая нумерация, где 1 позиция - это 901.
Водородные связи образуются следующими стеблями:
1-7 и 72-66
49-53 и 65-61
39-44 и 31-26
10-13 и 25-22
Водородные связи, не вошедшие в стебли:
54(5MU)-58(1MA)
55(PSU)-17(G)
14(A)-8(U)
15(A)-48(U)
18(G)-56(C)
Неканонические пары:
1(PSU)-72(A)
5(U)-68(G)
54(5MU)-58(1MA)
55(PSU)-17(G)
43(A)-27(PSU)
44(A)-26(M2G)
13(C)-22(C)
14(A)-8(U)
15(A)-48(U)
Исходя из данных файла stacking.pdb с величинами площади перекрывания была выбрана структура с наибольшим из них (структура 13 - 13.25). Также с наименьшими значениями есть структуры 14(0.00), 26(0.00) и 20(1.52). С помощью команд ex_str и stack2img были получены изображения для наибольшего и наименьшего перекрытия.
