Заданная тРНК - 1F7V.
Для предсказания вторичной структуры тРНК была использована программа einverted. В качестве последовательности был взят fasta-файл без последовательности белка. При значении minimum score threshold = 50 не было предсказано ни одного стебля, поэтому было взято значение 0.

Другие значения:
gap penalty = 20
match score = 3
mismatch score = -4

В результате программа нашла лишь один участок 49-53 и 65-61, который соответствует стеблю, найденому с помощью find_pair в прошлом практикуме.

Далее вторичная структура той же последовательности была предсказана по алгоритму Зукера. Код:

export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
cat 1f7v.fasta | RNAfold --MEA

Результат показан на изображении. Предсказаны все стебли, однако некоторые из них отличаются на 1-4 пары.

С помощью команды define были заданы следующие множества атомов в структуре 1RIO:
множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы
множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты
множество атомов азота в азотистых основаниях

Скрипт с определением этих множеств доступен по ссылке, также был написан скрипт, показывающий последовательные изображения структуры и множеств.

Также с помощью скрипта были описаны ДНК-белковые контакты. Полярный контакт - контакт между полярными атомами ДНК и белка на расстоянии не больше 3.5 А. Неполярным контактом называют контакт неполярных атомов белка и ДНК на расстоянии не больше 4.6 А. Результаты показаны в таблице. Можно заметить, что больше всего контактов белок образует с фосфатной группой и бороздкой, меньше всего с малой бороздкой.