Подготовка данных

Для выполнения практикума был выбран геном Thermogutta terrifontis штамм R1 (fasta-файл). Далее с помощью сервиса Operon-mapper был получен файл с предсказанными оперонами. Промотором считается область 100 нуклеотидов перед началом оперона. С помощью скрипта были получены 3 файла: обучения (гены домашнего хозяйства), тестирования и негативного контроля.

Запуск MEME

Далее был использован локальный MEME:

meme ./pr7/hk.fasta -dna -nmotifs 3 -minw 6

(output-файл)

Было найдено три мотива: LOGO-1 (рис. 1, E-value = 8.3e+000), LOGO-2 (рис.2, E-value = 1.8e+000), LOGO-3 (рис.3, E-value = 1.4e+002). У всех трех мотивов очень высокий по значению E-Value. Для дальнейшей работы был выбран второй мотив (из-за минимального E-Value).