Aligncomp - программа, предназначенная для парного сравнения выравниваний одних и тех же последовательностей. Разработана на языке программирования Python и может быть запущена через командную строку Bash. Скачать программу можно по ссылке.
Без указания дополнительных опций программа создаёт в директории, в которой находится, файл 'res.txt', содержащий в каждой строке номера совпадающих колонок сравниваемых выравниваний через пробел (первое число - номер колонки в первом выравнивании, второе - номер такой же колонки во втором выравнивании).
Программа вызывается через командную строку Bash. Первый аргумент - расположение программы. Далее можно указать дополнительные опции (необязательны для работы программы). Последние два аргумента - названия fasta-файлов выравниваний, которые нужно сравнить. Для получения справки вторым аргументом необходимо указать '-h'. Дополнительные опции:
-l: выводит в STDOUT длины каждого из выравниваний;
-p: выводит в STDOUT процент, который составляют идентичные колонки для каждого из выравниваний;
-b: выводит в STDOUT координаты блоков, оказавшихся идентичными в двух выравниваниях. Блоки каждого выравнивания пронумерованы, идентичные в двух выравниваниях блоки имеют один и тот же номер. С опцией '-o' выводит координаты только тех блоков, в которых не содержатся гэпы;
-o: с опцией '-b' выводит в STDOUT координаты идентичных блоков, не содержащих гэпы.
Примечание: в случае одновременного использовании опций '-p', '-b' и '-o' аргумент '-p' следует указывать перед '-b' для получения корректного результата.
Программа была проверена на следующих выравниваниях