Для работы был выбран домен I белков семейства MutS - белков, участвующих в репарации мисмэтчей. Информация о домене:
ID: MutS_I
AC: PF01624
Наименование: MutS domain I
Число последовательностей: 53
Число структур: 62
| Информация | Комментарии | |
|---|---|---|
| Выравнивание seed | Число последовательностей в выравнивании: 53; число колонок в выравнивании: 148 | |
| Максимальный достоверный блок, включающие все последовательности (МДБ-all) | Колонки 25 - 35 | |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | Колонки, консервативные на 100% отсутствуют. Колонки с наибольшим числом консервативных позиций: 25:G (51 из 53); 34:D (49 из 53); 35:A (51 из 53) | В выравнивании присутствует ещё один существенный достоверный блок: колонки 135 - 143, 100% консервативные колонки: 135:[VIL], 140:[TS]. Но он, во-первых, короче, чем выбранный, а во-вторых - в крайней правой его колонке меньше процент функционально идентичных аминокислот (45 из 53). Кроме того, выбранный блок имеет довольно консервативную вторичную структуру. Он начинается с глицина - аминокислоты, которая часто встречается на границе вторичной структуры (в данном случае - поворот бета-листа). Далее следует короткий участок бета-слоя, затем - альфа-спираль. Консервативность вторичной структуры участка говорит о его функциональной значимости, что ещё раз подтверждает достоверность блока. |
| Максимальный достоверный блок, включающий не все последовательности (МДБ-notAll) | Последовательности: 1 - 19; колонки: 20 - 47 | В том же наборе последовательностей были найдены другие МДБ в колонках: 1. 2 - 11; 2. 66 - 84; 3. 89 - 97; 4. L 131 - 143 (здесь можно было также включить 130 колонку, но в ней не 1, как в 131-ой, а 3 позиции отличаются функционально от консенсуса. Могли быть включены колонки 144 - 146, но в 146 колонке в 15 строке аминокислота S сильно отличается от консенсуса ([ED]), а 144 и 145 колонки не консервативны, поэтому последней было решено сделать 143 колонку) |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 20:[LIV]; 22:[FY] (17 из 19); 24:[LVM](17 из 19); 25:G; 26:D (16 из 19); 27:F; 28:Y; 29:E; 30:[ML] (18 из 19); 31:[FY]; 32:[FY] (17 из 19); 33:[DE] (16 из 19); 34:D(18 из 19); 35:A; 42:L (17 из 19); 44:[LI]; 46:[LI] (18 из 19); 47:T | 1. 2:P; 4:[MIL] (17 из 19); 6:Q (17 из 19); 7:[YF] (18 из 19); 10:[VILM] (18 из 19); 11:K (18 из 19); 2. 66:[VIM] (16 из 19, в остальных трёх - A - также алифатическая гидрофобная); 68:[LM] (18 из 19) 70:G; 71:[VI] (17 из 19); 72:P; 83:L (17 из 19); 84:[VIL]; 3. 89:G; 92:[VI] (18 из 19); 93:A (17 из 19); 94:[VI] (17 из 19); 96:[DE]; 97:Q; 4. 131:[MVI] (18 из 19); 133:R; 135:[VIL]; 138:[VIML]; 139:[VIL] (18 из 19); 140:[TS]; 141:P (17 из 19); 142:G; 143:T |
| Участок выравнивания, не отражающий ход эволюции | Колонки 12 - 19 | Среди выбранных позиций есть гэпы. Для проверки, действительно ли этот участок выравнивания не отражает хода эволюции, по нему были составлены группы. В результате в каждой группе оказалось по одной строке, что говорит о серьезных различиях в последовательностях белка разных организмов в данном участке, а значит этот участок не содержит достоверных подблоков и не отражает достоверно хода эволюции. |
Проект Jalview. Окно "MRB-all" использовано для поиска максимального достоверного блока, включающего все последовательности, "MRB-notall" - для поиска максимального достоверного блока, включающего не все последовательности, "UB" - для поиска участка выравнивания, не отражающего ход эволюции. В каждом из окон последовательности окрашены по модели Clustal (по значению консервативности 60% и выше).