В окне расширенного поиска на сайте UniProt в поле 'Organism [OS]' ввёл видовое название изучаемой археи и её TaxID в квадратных скобках: Halorarum salinum [2743089]. В результате поиска с этим фильтром получил 4124 находки. В боковом меню страницы результатов в поле 'Proteins with' ('белки с') выбрал 'Catalytic activity' ('каталитической активностью'), т.к. больше всего меня интересовали ферменты. Получил 420 находок. Чтобы найти белки, аннотированные наилучшим образом, в поле 'Annotation score' ('оценка аннотирования') выбрал '5'. В результате получил один белок, о котором и пойдет речь далее.
Длина: 545 аминокислотных остатков; молекулярная масса: 57815 дальтон.
Данный фермент необходим для образования треонилкарбамоильной группы на 37-ом аденозине (A37) тРНК, соответствующих кодонам, первым азотистым основанием которых является аденин. Входит в состав комплекса KEOPS, осуществляющего перенос треонилкарбамоильного остатка с треонилкарбамоил-AMP на A37. В структуре фермента выделяются 2 региона:
N-концевой - по последовательности схож с семейством доменов Kae1 - осуществляет катализ описанной реакции;
C-концевой - схож с семейством Bud32 - обладает киназной активностью. Осуществляет регуляцию работы N-концевого региона.
Данный белок является единственным в соответствующих ему кластерах UniRef100 и UniRef90. Это говорит о довольно высокой консервативности его последовательности. В соответствующем ему кластере UniRef50 присутствует 211 других белков. Все они, кроме двух (один из которых принадлежит бактерии Chloroflexota bacterium, а другой - неизвестному организму (hydrocarbon metagenome)) принадлежат археям, что говорит о том, что у эукариот и практически всех бактерий отсутствуют белки, близкие к изучаемому (хотя, конечно, у них имеются белки, выполняющие сходные функции).
UniProtKB AC: A0A7D5QDH8
1. 'Организм: Halorarum salinum'. Результат - найдено 4124 белков (это все белки, для которых были найдены рамки считывания в геноме организма). Добавим в поиске поле: и 'Масса(Дальтоны): до 57814'. Найдено 3760 белков. Можно сделать вывод, что изучаемый белок (его масса 57815 дальтон) крупнее, чем 91,17% потенциально экспрессируемых археей белков.
2. 'Семейство белков: Bud32' и 'Семейство белков: Kae1'- найдено 700 белков. Затем в поиске добавлены поля: и 'Название белка: Вероятный двухфункциональный тРНК-треонилкарбамоиладенозин-синтезирующий белок' и 'Таксономия: Археи'. Результат - найдены те же 700 белков. Это свидетельствует о том, что домены семейства Bud32 и Kae1 встречаются вместе в структуре одного белка только у Архей (хотя домены из этого семейства встречаются у организмов из многих таксонов, в чем можно убедиться, проведя поиск по данным семействам с логическим элементом 'или'), при чём характерно это только для вероятного двухфункционального тРНК-треонилкарбамоиладенозин-синтезирующего белка.
3. 'Организм: Halorarum salinum' и 'Семейство белков: Kae1' или 'Организм: Halorarum salinum' и 'Семейство белков: Bud32'. Результат - найден только вероятный двухфункциональный тРНК-треонилкарбамоиладенозин-синтезирующий белок данной археи. Это говорит о том, что у Halorarum salinum домены семейства Kae1 и Bud32 присутствуют в структуре только этого белка, хотя у других организмов эти домены могут быть включены в структуру других ферментов (например, Kae1 - в структуру неспецифичных сериновых/тирозиновых киназ), в чём можно легко убедиться, проведя поиск: 'Семейство белков: Bud32' или 'Семейство белков: Kae1' (можно также добавить 'не 'Название белка'', чтобы отбросить уже известные белки)
4. 'Организм: Halorarum salinum' и 'Классификация ферментов: 2.3.1' не 'Классификация ферментов: 2.7.11'. Результат - найдено 12 белков, обладающих активностью ацилтрансферазы (2.3.1 - переносят группы, отличные от аминоацильной) и не обладающих серин/тирозин-киназной активностью. Модифицируем поиск: 'Организм: Halorarum salinum' и 'Классификация ферментов: 2.7.11' не 'Классификация ферментов: 2.3.1'. Найдено 2 белка - ферменты, обладающие серин/тирозин-киназной активностью и не обладающие ацилтрансферазной. Модифицируем поиск: 'Организм: Halorarum salinum' и 'Классификация ферментов: 2.3.1' и 'Классификация ферментов: 2.7.11'. Единственный найденный белок - вероятный двухфункциональный тРНК-треонилкарбамоиладенозин-синтезирующий белок. Таким образом, в геноме Halorarum salinum закодировано 2 белка, обладающих только серин/тирозин-киназной активностью, 12 белков, обладающих только ацилтрансферазной (не аминоацилтрансферазной) активностью и один белок, проявляющий обе эти активности.