Здесь изображены обработанные с помощью программы JMol1 результаты рентген-микроскопии уридин-фосфорилазы(5EPU) из холерного вибриона(Vibrio cholerae) в комплексе с цитозином. Разрешение - 1.06Å. Белок состоит из 1518 аминокислотных остатков, 13015 атомов, а молекулярная масса составляет 164613.64Da(все без учета воды). Информация предоставлена из страницы банка PDB2.
Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
#
Имена атомов
Длина связи(Å)
Угол N-O-H(°)
Альфа-спирали
1
N(031GLN)-O(035GLU)
2.88
172.4
2
N(035GLU)-O(031GLN)
2.93
152.7
3
N(034ALA)-O(030VAL)
2.93
169.7
Бета-тяжи
1
N(049TYR)-O(046HIS)
2.86
161
2
N(046HIS)-O(049TYR)
2.93
160.8
3
N(051VAL)-O(044ALA)
2.83
158.8
Выводы
Согласно статье3, типичными значениями длины и угла в водородных связях являются <3.9Å и >90° соответственно. Все значения приведенных параметров связи удовлетворяют требованиям.