Здесь представлен список существующих разделов в различных базах данных, посвященных белку с мнемоническим идентификатором записи Q9K4U1_VIBCL, ее код доступа - Q9K4U1. На странице вы можете найти идентификаторы PDB и EMBL, кластеры идентичности, включающие белок и набор поисковых запросов, сообщающих о количестве похожих белков в таксонах организма-носителя.
Белок был обнаружен в ходе сравнения структуры и регуляции гена udp из Vibiro choloerae, Yersinia pseudotuberculosis, Salmonella typhimurium и Escherichia coli. Самая ранняя запись относится к 1.10.2000, однако сама статья2 была написана только 18.07.2003. С тех самых пор и до текущего дня(7.04.2020) не рецензирован и не добавлен в базу данных Swiss-Prot. Функционально белок является фосфатной трансферазой(E.C. 2.4.2.3) и катализирует обратимое фосфорилитическое расщепление уридина и дезоксиуридина на урацил и рибоза- или дезоксирибоза-1-фосфат.
Q9K4U1_VIBCL имеет множество 3D-структур(16 идентификаторов PDB), кроме того, имеются 30 идентификаторов EMBL. Все эти названия представлены в таблице[1] и таблице[2]ниже. Такое количество упоминаний может говорить о хорошей изученности, даже несмотря на то что белок находится в базе данных TrEMBL.
| PDBe | PDB entry | Method | Resolution (Å) | Chain | Positions | PDBsum |
| 4G8J | X-ray | 2.12 | A/B/C/D/E/F | 1-253 | [»] | |
| 4H1T | X-ray | 1.92 | A/B/C/D/E/F | 1-253 | [»] | |
| 4IP0 | X-ray | 1.29 | A/B/C/D/E/F | 1-253 | [»] | |
| 4K6O | X-ray | 1.17 | A/B/C/D/E/F | 1-253 | [»] | |
| 4LZW | X-ray | 1.29 | A/B/C/D/E/F | 1-253 | [»] | |
| 4OEH | X-ray | 1.91 | A/B/C/D/E/F | 1-253 | [»] | |
| 4U2K | X-ray | 2.13 | A/B/C/D/E/F | 1-253 | [»] | |
| 5C80 | X-ray | 2.24 | A/B/C/D/E/F | 1-253 | [»] | |
| 5EFO | X-ray | 1.63 | A/B/C/D/E/F | 1-253 | [»] | |
| 5EPU | X-ray | 1.06 | A/B/C/D/E/F | 1-253 | [»] | |
| 5LHV | X-ray | 1.29 | A/B/C/D/E/F | 3-253 | [»] | |
| 5LOK | X-ray | 1.11 | A/B/C/D/E/F | 1-253 | [»] | |
| 5M2T | X-ray | 1.03 | A/B/C/D/E/F | 1-253 | [»] | |
| 5MIW | X-ray | 1.28 | A/B/C/D/E/F | 1-253 | [»] | |
| 5OUR | X-ray | 1.35 | A/B/C/D/E/F | 1-253 | [»] | |
| 6EYP | X-ray | 1.22 | A/B/C/D/E/F | 1-253 | [»] | |
| ModBase | Search... |
|||||
| SWISS-MODEL-Workspace | Submit a new modelling project... |
|||||
| PDBe-KB | Search... |
|||||
| База данных | Accession |
|---|---|
| EnsemblBacteria | AJ278526 CGII01000092 PYRF01000004 MCBA01000177 QXWF01000002 VIOS01000039 VSIJ01000036 |
Помимо названий белка в таблице ниже указаны его длина в аминокислотных остатках и масса в г/моль, эти показатели говорят, о том что белок относительно большой.
| Характеристики белка | |
|---|---|
| Наименование | Значение |
| Длина последовательности(а.о.) | |
| Длина | 253 |
| Молекулярная масса(г/моль) | |
| Молекулярная масса | 27080 |
Раздел "feature table" свидетельствует о том, что белок действительно был обнаружен(/evidence="ECO:0000259|Pfam:PF01048"). Кроме того, был обнаружен его лиганд - ион магния(/evidence="ECO:0000213|PDB:4LZW"). По даннам PDB3, белок состоит из 6 цепей.
Белок представлен в трех кластерах: UniRef50, UniRef90 и UniRef100. Каждый из них представляет собой множество белков, схожих с данным не менее чем на 50%, 90% или 100% соответственно. Их идентификаторы и размеры изображены в таблице ниже.
| Характеристики кластера | ||
|---|---|---|
| Идентификатор | Название | Размер(кол-во белков) |
| UniRef50_Q9KT71 | Uridine phosphorylase | 3045 белков |
| UniRef90_Q9KT71 | Uridine phosphorylase | 311 белков |
| UniRef100_Q9KT71 | Uridine phosphorylase | 16 белков |
Размеры кластеров могут говорить о типичности белка - находится до 3045 похожих белков.
Для определения распространенности белка был произведен поиск по его названию среди таксонов холерного вибриона(Vibrio Choloerae), из которого был выделен фермент. Самым первым был запрос, показывающий в скольких записях UniProt упоминается уридин фосфорилаза. После поиска по таксонам приводятся несколько запросов по известным белкам. Все результаты поиска находятся в таблице 5.
| Текст запроса | Количестов найденных белков | Из них в базе данных Swiss-Prot |
|---|---|---|
| name:"uridine phosphorylase" | 15018 белков | 198 белков |
| name:"uridine phosphorylase" organism:"Vibrio cholerae [666]" | 8 белков | 0 белков |
| name:"uridine phosphorylase" taxonomy:Vibrionaceae | 694 белка | 10 белков |
| name:"uridine phosphorylase" taxonomy:Proteobacteria | 8178 белков | 183 белка |
| name:lysozyme | 42697 белков | 242 белка |
| name:lysozyme taxonomy:Fungi | 427 белков | 2 белка |
| name:lysozyme taxonomy:Ciliophora | 15 белков | 0 белков |
| name:trypsin | 29530 белков | 320 белков |
| name:trypsin NOT name:inhibitor | 24569 белков | 104 белка |
Белок определенно можно назвать распространенным - по его названию было найдено 15018 записей. Неудивительно, что при повышении уровня таксона количество записей с названием белка увеличивается с 8 до 694, а после до 8178. Тем не менее, количество упоминаний более известных ферментов, таких как лизоцим, едва ли не в три раза превосходит таковое у фосфорилазы(42697 против 15018). Что интересно, так это то, что у инфузорий среди 15 упоминаний о лизоциме нет ни одного проверенного и добавленного в базу данных Swiss-Prot.