Практикум 7. Банки нуклеотидных последовательностей

Нуклеотидная последовательность с ББС

Послдеовательность была найдена в результате сопоставления статьи с сайта ББС и базы данных ENA. Подробная информация указана по ссылке.

Сборка генома желтоперого тунца Thunnus albacares

Желтоперый тунец Thunnus albacares - крупный вид из семейства скумбриевых. До 2.39 м длиной, массой до 200 кг. Ценная промысловая рыба для человека, широко распространен. Представлен на изображении ниже. Источник изображения

Выловленный желтоперый тунец
Рисунок 1. Выловленный желтоперый тунец.

В NCBI существует единственная сборка генома этой рыбы. Имя сборки - ASM90030262v1, AC из GenBank - GCA_900302625. Сборка на уровне скэффолдов. Общая длина последовательности - 728212003. Количество скэффолдов - 38995, N50 - 46920, L50 - 4284. Аналогично для контигов количество - 84919, N50 - 16808, L50 - 12005. Всего 9437 белков, относящихся к желтоперому тунцу. Публикаций нет.

Поиск последовательности контига по следующему алгоритму: общий WGS файл со страницы сборки->список конкретных WGS файлов->частный контиг->Send to: file (fasta)->Create file. Ссылка на полученную fasta-последовательность.

Список полных геномов таксона коронавирусов, содержащего штамм с NCBI id 694009

Строка OX из Uniprot дала название таксона, содержащего рассмотренный штамм. После по запросу "txid694009[Organism:exp]" в поле Genome было найдено две записи, обе - полные геномы, имеющие запись в RefSeq. По данному таксону была построена таблица в NCBI virus, в ней 19815 строк с пометкой complete, среди них и два описанных выше, + были добавлены столбцы авторов, публикаций, места и даты сборов, а также тайтл ГенБанка.

Последовательность генома коронавируса с AC NC_004718

Описан геном с AC NC_004718 из коронавируса SARS coronavirus Tor2 с taxid 227984. Представляет собой линейную геномную РНК, из пациента номер 2 с острым атипичным респираторным синромом в Торонто, следовательно, человек Homo sapiens. Участок, предположительно кодирующий CDS получен по ссылке CDS->Send to->File->Coding Sequences->FASTA Nucleotide, оттуда скопирован в файл.