Анализ метаболического пути в базе данных KEGG

1. Был рассмотрен метаболический путь с ID 00565. Ссылка на референсный путь. Изображние пути представлено ниже.

Methabolic pathway — Рисунок 1. Граф метаболического пути 00565

2. На пути была выбрана и закрашена в красный цвет с желтой каймой реакция. Новое изображение пути.

3. Рекация имеет ID R04361. Ек уравнение - C00040 + C03968 <=> C00010 + C05977. Ниже представлена таблица характеристик реакции вместе с струтурными формулами продуктов и реагентов.

4. Реакцию катализирует фермент с названием "Acyl-CoA:1-alkyl-sn-glycero-3-phosphate 2-O-acyltransferase" - Ацил-коферментА: 1-алкил-sn-глицеро-3-фосфат 2-О-ацилтрансфераза.

5. Ферменту соответствует код 2.3.1.-, он расшифровывается как 2(трансферазы).3(ацилтрансферазы).1(переносят другие группы, кроме амино-ацильных).-(на данный момент не установлен). Информация взята со страницы. Исходя из классификации и реакции функция фермента - ацилировать 1-алкил-sn-глицеро-3-фосфат.

Table of reaction — Рисунок 3. Таблица реакции R04361

6. Данный метаболический путь был рассмотрен у двух организмов - человека Homo sapiens (слева) и трипаносомы Trypanosoma cruzi (справа). На изображениях ниже заметно, что метаболический путь человека включает в себя метаболический путь трипаносомы.

Score plot — Рисунок 4. Метаболический путь 00565 для человека

ROC-curve — Рисунок 5. Метаболический путь 00565 для трипаносомы

7. Для Trypanosoma cruzi известны 360 метаболических путей (в том числе незавершенных "incomplete"), они были скопированы со страницы KEGG, помещены в файл и очищены от загловочных строк. Ссылка на полученный файл с 360 строками, подсчитвнными командой wc. Количество генов варьируется в зависимости от штамма, например, для штамма "CL Brener" KEGG отображает 19602 генов. Ссылка на страницу KEGG.