Анализ данных записи UniProt



1.Запись
  Метка поля Содержание
Код(ы) доступа ("Accession number") AC P35340; P77251; P77462
Идентификатор записи в БД ID 521 AA
Название (краткое описание) белка DE Субъединица F алкилгидропероксидредуктазы
Дата создания документа DT Включено в систему Swiss-Prot 01-06-1994
Дата последнего исправления аннотации DT 16-12-2008
Число публикаций, использованных при создании документа RN 6
Журнал и год самой поздней публикации RL "Mol. Cell. Proteomics", 2008
Ключевые слова KW 3D-structure; Acetylation; Complete proteome; FAD; Flavoprotein; NAD; NADP; Oxidoreductase; Redox-active center
Что содержит поле комментариев? CC Функция: служит для защиты ДНК клетки от повреждения алкилгидропероксидами.
В комбинации с белком ahpC может использовать как НАД*Н, так и НАДФ*Н в качестве донора электронов для непосредственного окисления пигментов или алкилгидропероксидов.
Кофактор: одна субъединица связывает один флавинадениндинуклеотид
Субъединица: симметричный димер
Взаимодействует с: alsE (AC:P32719) и tyrR (AC:P07604)
Разное: соединяется с лигандом дисульфидным мостиком
Принадлежит к семейству пиридиновых нуклеотидно-дисульфидных оксидоредуктаз класса II
Идентификаторы записей PDB DR 1FL2


2.ВОПРОС: напишите номера и названия аминокислотных остатков, чьи боковые цепи связаны ковалентной связью.

Боковые цепи цистеина-345 и цистеина-348 связаны дисульфидным мостиком.

3.Результаты поиска по базе данных UniProt
 Запрос  Число записей
в SwissProt
Число записей
в TrEMBL
name:"alkyl hydroperoxide reductase"901535
name:"alkyl hydroperoxide reductase subunit"39288
name:"alkyl hydroperoxide reductase subunit F"16133


4.Сравнение алкилгидропероксидредуктазы субъединицы F и алкилгидропероксидредуктазы субъединицы C

*Номера аминокислотных остатков, входящих в те или иные структуры даны в поле "FT"
  Метка поля ahpF ahpC
Первый код доступа AC P35340 P0A251
Идентификатор последовательности в БД ID AHPF_ECOLI AHPC_SALTY
Название (краткое описание) белка DE Алкилгидропероксидредуктаза субъединица F Алкилгидропероксидредуктаза субъединица C
Дата создания документа DT 1 июня 1994 15 марта 2005
Дата последнего исправления аннотации DT 16 декабря 2008 20 января 2009
Название организма OS Escherihia coli Salmonella typhirium
Классификация организма (список таксонов) OC Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella.
Длина последовательности SQ 521 187
Молекулярная масса белка SQ 56177 20747
Число публикаций, использованных при создании документа RN 6 8
Журнал и год самой поздней публикации RL "Mol. Cell. Proteomics", 2008 "Biochemistry", 2005
Описание вторичной структуры* FT преобладает бета-структура преобладает альфа-структура
Ключевые слова KW 3D-structure; Acetylation; Complete proteome; FAD; Flavoprotein; NAD; NADP; Oxidoreductase; Redox-active center 3D-structure; Antioxidant; Complete proteome; Direct protein sequencing; Oxidoreductase; Peroxidase
Темы, освещённые в комментариях CC Функции, каталитическая активность, кофактор, субъединица, взаимодействия, классификация и проч. Функции, каталитическая активность, субъединица, посттрансляционные модификации, классификация
Особенности последовательности
FT Одна цепь, образует неполярные связи с одной молекулой флавинадениндинуклеотида, имеются два ацилированных остатка лизина (53 и 354), цистеины 345 и 348 образуют дисульфидный мостик, являющий собой активный центр Одна цепь, с субстратом взаимодействует OH группа боковой цепи цистеина-47, удалён первый метионин, остатки с 2 по 157 образуют характерную трёхмерную структуру-домен - тиоредоксин, мономеры в димере соединены дисульфидным мостиком, сведения о последовательности 6 участков противоречивы
Идентификаторы записей PDB DR 1FL2 1N8J; 1YEP; 1YEX; 1YF0; 1YF1


И тот и другой фермент нужны для нейтрализации алкилгидропероксидов, но принадлежат к разным семействам и взяты из разных, хоть и таксономически родственных (одно семейство) организмов. Молекула ahpF значительно крупнее и его структура изучена лучше (как следует из истории, файл редактировался 83 раза, файл ahpC - 36, и нет спорных моментов и разных вариантов 3D-структуры). Как ферменты, эти два белка действуют по сходному принципу: с образованием дисульфидного мостика.

*Дополнительное задание: по запросу "Alkyl hydroperoxide reductase and 3d-structure" я нашла 8 белков, родственных моему, для которых известна третичная структура.

К перечню исследовательских работ
На главную