|
Окно BLAST 1.
Работа PSI-Blast идёт по принципу увеличения специфичности поиска за счёт генерации таблиц, на основе уже сделанной выборки. Таким образом, с каждой итерацией мы предъявляем системе новые требования В случае с тремя последовательностями из примера, мы наблюдаем, что: - в первом случае разрыв расширяется, но незначительно, и итерации не сходятся (программа не может обозначить границы между вероятными и маловероятными гомологами) - во втором разрыв стремительно сокращается, но всё равно остаётся значительным и итерации сходятся очень быстро (программа уверенно выдаёт список вероятных гомологов) - третий вариант - промежуточный: разрыв увеличивается, к четвёртой итерации программа перестаёт находить новые гомологи выше порога Итерации не сошлись при поиске гомологов моего белка, более того, разрыв был ничтожен и не изменился. При уменьшении порога до 0.001 (ужесточении требований) итерации в первом случае сходятся на третьей попытке. При увеличении хотя бы до 0.0015 - уже нет. Для моего белка сходимости нет и при пороге равном e-10, хотя после каждой итерации в списке появляются единичные последовательности (с первым белком, например, наблюдался "скачок" на 4й итерации). С каждой итерацией e-value лучшей последовательности увеличивается, а последовательностей в конце списка уменьшается, они "мигрируют" в сторону середины списка. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||