Выравнивание, сделанное вручную в GeneDoc на основе изображения *
Иллюстрация
2.Выравнивание тех же последовательностей, сделанное автоматически программой Needle *
Иллюстрация
На изображении в RasMol синим отмечены участки, сопоставленные друг другу в машинном выравнивании. Заметно, что они в подавляющем числе случаев не соответствуют тем, что мы обнаружили сами.
Как мы можем видеть, далеко не всегда выравнивание с оптимальным весом, выбранное Needle для отображения, является биологически верным. Совпадение структур - куда более серьёзный аргумент, чем численная величина веса, т.к. последний лишь приближённо отражает возможность гомологии: в данном случае мы видим своими глазами, что структура белков одинакова на многих участках, проигнорированных программой. К сожалению, общая форма не всегда может говорить об одинаковых последовательностях (одинаковые структуры могут быть образованы совершенно различными по свойствам остатками), а вот обратное - закономерно.