1.Рассмотренный мной участок выравнивания длины 15(красным подчёркнута последовательность AHPF_Ecoli)
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | GKRVAVIGGGNSGVE | 6 | нет |
| Сильный | [GN]-[KQ]-[RDE]-[VLI]-[LIAV]-V-[IV]-G(3)-[ND]-S-[AG]-[VFI]-[DE] | 26 | да |
| Слабый | {VLIGA}-[VLI]-x-V-[IV]-G(3)-[ND]-S-[AG]-x | 67 | да |
Очевидно, что, ища слабый паттерн, мы предъвляем наименее строгие требования к выдаваемым последовательностям, в случае с сильным (составленным по конкретному выравниванию), получаем значительно меньше результатов, и, наконец, когда мы ищем полностью консервативный участок, повторений совсем немного и те последовательности, которые, как мы уже видели, не полностью совпадают с нашей, в список, разумеется, не попадут.
2.
| Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS51354 | GLUTAREDOXIN_2 | переносчик электронов в синтезе диоксирибонуклеотидов | профиль | [LIVMD] - [FYSA] - x(4) - C - [PV] - [FYWH] - C - x(2) - [TAV] - x(2,3) - [LIV] | да | 1 |
| PS00573 | PYRIDINE_REDOX_2 | содержит дисульфидный мостик, участвующий в окислении ФАД | паттерн | C - x(2) - C - D - [GAS] - x(2,4) - [FYA] - x(4) - [LIVMAT] - x(0,1) - [LIVM](2) - [GI] - [GDS] - [GRD] - [DN] | да | 1 |
| PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | фосфорилирующий участок Ca-независимой казеинкиназы | паттерн | [ST] - x(2) - [DE] | нет | 9 |
| PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | фосфорилирующий участок протеинкиназы (фосфорилирует, в осн., остатки серина и треонина вблизи С-конца) | паттерн | [ST] - x - [RK] | нет | 6 |
| PS00004 | CAMP_PHOSPHO_SITE | фосфорилирующий участок cAMP-зависимой протеинкиназы | паттерн | [RK](2) - x - [ST] | нет | 1 |
| PS00008 | MYRISTYL | к этому участку, содержащему глицин, присоединяется остаток жирной миристиновой к-ты | паттерн | G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P} | нет | 13 |
| PS00009 | AMIDATION | x(чаще фенилаланин или валин) подвергается амидированию | паттерн | x - G - [RK] - [RK] | нет | 1 |