Банк нуклеотидных последовательностей EMBL 


        EMBL release
        1.Последний релиз был проиндексирован 7 сентября 2009 года и содержит 108577013 записей.
        Поле Data class (с количеством записей каждого класса - для тех, где указаны)
ANN: Constructed sequence with annotation
CON: Constructed sequence
EST: Expressed Sequence Tag (62846990)
GRV: Genome Reviews -
GSS: Genome Survey Sequence (25905073)
HTC: High Throughput cDNA sequencing (549753)
HTG: High Throughput Genome sequencing (142473)
MGA: Mass Genome Annotation -
PAT: Patent (10439165) -
SET: Project set (EMBL WGS Masters only)
STD: Standard (7253026) -
STS: Sequence Tagged Site (1310171)
TPA: Third Party Annotation (6520)
TSA: Transcriptome Shotgun Assembly (123842)
WGS: Whole Genome Shotgun -
         
        Поле Division
ENV: Природные образцы (4145029)
FUN: Грибы (3942084)
HUM: Человек (12841544) 
INV: Беспозвоночные (15518735)
MAM: Другие млекопитающие (9429823)
MUS: Мышь (7424621)
PHG: Бактериофаги (5865)
PLN: Растения (33806044)
PRO: Прокариоты (909986)
ROD: Грызуны (2261678)
SYN: Искусственно создано (2671622)
TGN: Трансгенные организмы (265465)
UNC: Не классифицировано (3945859)
VRL: Вирусы (827405)
VRT: Другие позвоночные (10581253)

        

        Наблюдается замедление поступлений в данные три раздела, и наиболее разительное - в раздел "Человек"

        2.Ген HLA-B (код доступа к записи EMBL BA000025)
        Направление: прямое
        Кодирующих участков: 7
        Длина первого к.у.: 73
        Длина последнего к.у.: 44 
        Длина первого интрона: 128
        Длина последнего интрона: 106

        Страничка ввода программы blastx
        Нужная последовательность вводится в поле запроса (в данном случае экзон №3 - 587712...587987)
        Выбираем Swiss-Prot в качестве банка данных, где будем искать.
        Находим белок с наименьшим E-value выравнивания (1e-04) - 3 варианта: 
        антигены гистосовместимости человека класса I B-8, B-41 и B-42 (1B08, 1B41 и 1B42)
        участок последовательности, соответствующий экзону - 188-206 (стопроцентное совпадение)

        3.AHPF_Ecoli

      

        
 
           
            Идентификатор записи EMBL
          
           
            Тип молекулы 
          
           
            Класс данных
          
           
            Раздел EMBL
          
          Дата создания 

            документа 		
           
            Описание
          
           
            Длина последовательности
          
        

        
 
          U82598
          геномная ДНК
          STD
          PRO
          21 января 1997
          последовательность генома Escherichia coli с 9 по 12 минуты
          136742
        

        
 
          D13187
          геномная ДНК
          STD
          PRO
          30 августа 1993
          гены ahpC и ahpC Escherichia coli, малой и большой субъединиц
          алкилгидропероксидредуктазы, полная и частичная посл-ти
          1483
        

       
 
          AP009048
          геномная ДНК
          STD
          PRO
          22 января 2006
          полный протеом Escherichia coli K12 W3110
          4646332
        

               
 
          U00096
          геномная ДНК
          STD
          PRO
          22 февраля 2006
          полный протеом Escherichia coli K12 MG1655
          4639675
        

      

      Первая запись содержит информацию о целом участке генома, кодирующем 135 белков, вторая - о генах двух субъединиц одного белка - F и С, 
      а третья и четвёртая - о полном наборе белков и кодирующих их генов разных штаммов Escherichia coli. Последние две
       заметно новее, но все записи относятся к одному разделу и классу данных.


К перечню исследовательских работ
На главную