Алгоритмы реконструкции деревьев

 С помощью программы retree пакета PHYLIP я получила дерево, укоренённое в среднюю точку. Этой опции
соответствует буква M в списке однобуквенных обозначений действий, который нам предлагает программа псоле открытия файла Intree.



Дерево содержит такой же набор ветвей, как и то, что было составлено по алгоритму neighbor-joining в прошлом задании,
т.е. отличается от правильного лишь наличием ветви (VIBCH,SALTY,YERPE) vs (...). Судя по месту укоренения, программа находит RHIEC 
более родственным бетапротеобактериям, чем гаммапротеобактериям.

B.subtilis не относится к протеобактериям, и поэтому его энолаза может быть использована, как аутгруппа при построении дерева программой
fprotpars с дальнейшим уточнением retree (клавиша O из списка опций, затем ввести индекс соответствующей ветви, в данном случае
тривиальной).



Последнее дерево отличается от всех остальных наличием ветви (VIBCH,PASMU) vs (...).
Проанализировав 100 реплик, генерированных программой fseqboot, fconsense реконструировала единое дерево
по принципу "расширенного большинства", совпадающее с верным. При этом ветвь с наименьшей поддержкой (YERPE,SALTY,PASMU) vs (...)
является наиболее сомнительной, что отвечает множественности вариантов, предложенных другими программами.

                                            +------ENO YERPE
                                     +-80.2-|
                              +-40.7-|      +------ENO SALTY
                              |      |
                       +-100.0-|      +-------------ENO PASMU
                       |      |
                +-100.0-|      +--------------------ENO VIBCH
                |      |
         +-96.2-|      +---------------------------ENO PSEAE
         |      |
  +------|      +----------------------------------ENO RHIEC
  |      |
  |      +-----------------------------------------ENO NEIMA
  |
  +------------------------------------------------ENO RALPJ

Из ветвей, не вошедших в дерево, стоит отметить две: (YERPE,SALTY,VIBCH) vs (...) (поддержка 33.50), предложенную до этого fneighbor,
и (VIBCH,PASMU) vs (..) (25.83).