Онтологии GO

 
 

      
Описание функции белка RHAA_Ecoli(P32170) в соответствии с GO-аннотацией 
    

      
 
      
Онтология GO (название словаря) 
      
Количество разных ассоциированных терминов GO 
      
Функция белка

       (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO 
    
    

      
Где?
      
Component
      
1
      
белок цитоплазмы
    
    

      
Зачем, для чего? 
      
Process
      
3
      
участвует в метаболизме L-ликсозы и рамнозы
    
    

      
Молекулярный механизм? 
      
Function
      
4
      
связывает ион марганца и изомеризует L-рамнозу
    
    

      
Специфичность?
      
Process
      
нет отдельного определения
      
моносахариды L-рамноза и L-ликсоза
    
  

 

      
Описание терминов GO 
    

      
GO ID выбранного термина 
      
Список синонимов 
      
Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи
      
Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
    
     

      
GO:0019299 rhamnose metabolic process дерево
      
hexose biosynthetic process
	
hexose catabolic process
	
nucleotide-sugar metabolic process
      
hexose metabolic process(I)
      
(I): rhamnose biosynthetic process
rhamnose catabolic process
dTDP-rhamnose metabolic process
UDP-rhamnose metabolic process
GDP-D-rhamnose metabolic process
    
    

      
GO:0005737 cytoplasm дерево
      
-
      
intracellular part(I)
      
(I): sarcoplasm
pole plasm;
(P): cytoplasmic part
    
    

      
GO:0046872 metal ion binding дерево
      
-
      
cation binding(I)
      
(I): alkali metal ion binding
lead ion binding
transition metal ion binding
magnesium ion binding
calcium ion binding
metal chelating activity
    
   

Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt

Bos taurus (корова, domestic cattle) ID: 9913 (вид)

В банке данных SRS поле ProteinExistence принимает следующие значения:
  1: evidence at protein level 
  2: evidence at transcript level 
  3: inferred from homology 	
  4: predicted 	
  5: uncertain

 

      
Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Bos taurus (по данным UniProt) 
    

      
 
      
Количество в UniProt (SwissProt)
      
Количество в UniRef100
     
     

      
Существование белка доказано экспериментально
       
1351
       
!1361!
      
       

      
Известны только соответствующие транскрипты
       
11846
       
11663
      
      

      
Гипотетический белок, предсказан по гомологии
       
882
       
852
      
      

      
Иные предсказанные гипотетические белки
       
1514
       
1353
      
   

Больше всего белков известно по своим транскриптам, наименьшее количество предсказано по гомологии. 
В большинстве случаев ссылка на UniRef исключает повторяющиеся находки. Однако иногда, похоже, под устаревшими AC
одного белка почему-то понимаются разные белки, и находок UniRef получается больше.

Следующий запрос я использовала для поиска среди белков данного таксона реальных и аннотированных по всем трём словарям GO.
К сожалению, SRS сталкивается с проблемой при обработке данного запроса для базы UniProt. 
Из базы SwissProt этому запросу соответствует 121 белок.  

(([swissprot-NCBI_TaxId:9913*] &  ([swissprot-ProteinExistence:1: evidence at protein level]  |  [swissprot-ProteinExistence:2: evidence at transcript level ])) > 
([swissprot-DbName:GO*] & ((([swissprot-DBxref:p:*] &  [swissprot-DBxref:c:*]) & [swissprot-DBxref:f:*]) &  ((((([swissprot-DBxref:exp*] | [swissprot-DBxref:ipi*]) |  
[swissprot-DBxref:imp*]) | [swissprot-DBxref:igi*]) |  [swissprot-DBxref:ida*]) | [swissprot-DBxref:iep*])))) 

Использование GO для работы с массовыми данными

GO:0008652 : cellular amino acid biosynthetic process (биосинтез аминокислот)
Данный термин является очень общим и по отношению к корове не используется вообще 
(запрос через SRS не даёт результатов, запрос по одному термину, без указания таксона
даёт 6959 результатов, из которых 6257 - бактериальные белки).
Средствами поисковой системы на сайте консорциума GO я получила
список идентификаторов (41 белок). Не все белки из списка взяты из UniProt.
Через прямой запрос UniProt я получилапоследовательности 33 белков.
Запрос для UniProt: organism:"Bos taurus [9913]" AND GO:0008652 

Определение главной функции в большом списке белков
Cписок белков, содержащий и белок RHAA_Ecoli, я обработала программой GOstat,
чтобы выявить преобладающую функцию, исходя из частоты встречаемости терминов GO. P-value<0.01.
Термины с самым низким (с большим отрывом) P-value:
GO:0005886 c:plasma membrane	5.64e-12
GO:0019299 p:rhamnose metabolic process	4.04e-10
Функция RHAA_Ecoli (метаболизм рамнозы) является для этой группы преобладающей. С другой стороны, функция большинства
данных белков связана с мембраной, в то время как RHAA_Ecoli - цитоплазматический белок. Вместе с тем, L-рамноза
часто является компонентом клеточной стенки бактерий (GO:0019299). Так что белки, принимающие участие в её метаболизме,
могут "работать" как в цитоплазме, так и на мембране.