EC/KEGG
белок RHAA_Ecoli:
EC=5.3.1.14
5 - изомераза, 3 - внутримолекулярная оксидоредуктаза, 1 - взаимное превращение альдоз/кетоз, 14 - изомераза L-рамнозы
реакция: L-рамноза <=> L-рамнулоза
имя локуса: b3903
метаболические пути, ассоциированные с геном:
единственный - "fructose and mannose metabolism" метаболизм фруктозы и маннозы (eco00051)
карта данного метаболического пути
Поиск метаболических путей в KEGG
1.L-аспартат (L-аспарагиновая кислота) C00049
английские названия: L-aspartat, L-aspartic acid, 2-aminosuccinic acid
==> или <==
2.L-лизин C00047
английские названия: L-lysine, Lysine acid, 2,6-Diaminohexanoic acid
Найден метаболический путь биосинтез лизина
выбранная цепочка: L-аспартат --> L-лизин (наименьшее число промежуточных стадий)
Возможность выбранной цепочки ферментативных в разных организмах с известными полными геномами.
| Организм |
Возможна ли цепочка реакций
(да/нет/неизвестно) |
Обоснование |
| Escherichia coli K-12 MG1655
|
частично |
вместо одной стадии (EC=2.3.1.83) превращение L-2,3,4,5-тетрагидродипиколината
в LL-2,6-диаминопимелат идёт в три стадии |
| Archaeoglobus fulgidus |
нет |
неизвестен ген фермента, катализирующего стадии EC=2.6.1.83
и альтернативную EC=2.3.1.117 |
| Arabidopsis thaliana |
да |
известны гены всех ферментов в цепочке |
| Homo sapiens |
нет |
не известно ни одного гена в цепочке |
1.1.1.42: искомый белок - изоцитратдегидрогеназа, важный фермент углеводного метаболизма, NAD+ или NADH+зависимый. У эукариот встречается
в трёх разновидностях, две из которых являются белками митохондриального матрикса.
Ферменты с идентификатором 1.1.1.42:
- у Archaeoglobus fulgidus 1 находка: IDH_Arcfu
- у Homo sapiens 2 находки: IDHC_Human и IDHF_Human
(([swissprot-ID:*_human] | [swissprot-ID:*_arcfu]) & [swissprot-ECNumber:1.1.1.42])
Мы отключаем опцию Use Wildcards, чтобы не получить находки с EC 1.1.1.423, например (в данном случае не требуется).
InterPro Matches для обоих белков человека даёт практически одинаковыйе результаты, поэтому не принципиально, какой из них
сравнивать с белком из археи. Возьмём IDHC_Human. У него и археи общим является домен с идентификатором Pfam PF00180.
С помощью программы water пакета EMBOSS я сделала локальное выравнивание последовательностей
нашего домена у этих двух белков (координаты взяты из Pfam).
Процент идентичности - 22.9%
Средствами KEGG мы нашли лучшего ортолога для IDHC_Human у архей - это белок DKAM_0286 из D.Kamchatkensis
(22.8% идентичности, длина 107)
и для архей из эукариот TVAG_494040 (T.vaginalis - 52.2%, 416).
Таким образом, функция этого фермента достаточно важна, чтобы отвечающие за соответствующий тип активности домены оказались
родственными у человека и архей. При этом внутри семейства существует значительная вариабельность.
