База данных Pfam

 I.Сделав запрос на мой белок AHPF_Ecoli на главной странице сайта базы данных Pfam,
   я получила следующий результат: 

	 

      
Доменная структура белка AHPF_Ecoli по данным Pfam
      

      
Cхема из Pfam:
 
      
      

      
Пояснения к схеме

      
      
 
      
№
      
Pfam AC
      
Pfam ID
      
Полное название семейства домена
      
Положение в последовательности белка AHPF_Ecoli
      
Клан
      
      
 
      
1.
      
Pyr_redox
PF00070
Пиридиннуклеотиддисульфатоксидоредуктаза (небольшой NADH-связывающий домен
 
      внутри более крупного FAD-связывающего домена)
357-437
Клан NADP_Rossmann(CL0036)

          содержит 148 сем-в
      
  
      
 
      
2.
      
Pyr_redox_2
      
PF07992
      
 -//-
        
      
214-494
      
 -//-
        
        
      

     Выравнивание-"затравка" для домена Pyr_redox_2.

     Обратившись к интегрирующей базе данных InterPro, я получила
     гораздо более подробную картину. В частности, на отрезке 109-211 последовательности выделен домен
     GLUTAREDOXIN_2, осуществляющий вклад в оксидоредуктазную активность AHPF_Ecoli
     PROSITE: PS51354 
     и предполагается наличие поторяющихся глутаредоксиновых и тиоредоксин-подобных доменов по координатам 1-198. 
	CATH: G3DSA:3.40.30.10  
	Superfamily: SSF52833 
	С другой стороны, роль последних никак не освещена в файле UniProt белка, так что, вероятно, 
	это не самая точная информация.
     Активный сайт (345-365) оксидоредуктазного домена также указан.
     PROSITE: PS00573  
     Что касается трёхмерной структуры доменов (1FL2 из PDB), pyr_redox выделен, как отдельная компактная структура
     внутри pyr_redox_2. Координаты в а.о. - 357-442, то есть не совпадающие с координатами в pfam на 5 а.о.

     

     II.
      

      
Представленность домена PF07992 в организмах разных видов
            
 
              
 
                
Таксон
              
              
 
                
Количество белков с доменом PF07992.
              
            
            
 
              
Эукариоты
              
Зеленые растения
              
94
            
                        
 
              
Грибы
              
984
            
            
 
              
Животные
              
596
            
            
 
              
Остальные эукариоты
              
868
            
            
 
              
Бактерии
              
19113
            
            
 
              
Археи
              
758
            
          
        
	PF07992 - в основном, бактериальный домен, но среди эукариот встречается у грибов и в меньшей степени у животных.
	Он относительно нехарактерен для растений.

 

      
Представленность изучаемых доменов в белках Escherichia coli (strain K12) 
            
  
               
 № 
               
 PFAM ID 
               
 Количество белков в Escherichia coli (strain K12)
  
            
            
 
              
1.
              
Pyr_redox
              
13
            
            
 
              
2.
              
Pyr_redox_2
              
17
            
      

      Два домена почти всегда расположены вместе - pyr_redox как бы внутри pyr_redox_2. Структура, характерная для AHPF_Ecoli
      является в какой-то степени "классической", т.е. наиболее распространённой (7181 белков имеют такое взаимное расположение доменов).
      Но существует интересный вариант с повтором.
      Q8R5T2_Thetn 

      Относительно редко (40 белков) pyr_redox встречается отдельно.
      Q88XI4_Lacpl 
      И вполне обычен (4670 белков) одиночный pyr_redox_2.
      ADRO_Bovin