Введение в PyMOL

 
1.В записи 1KMY банка PDB в описанной структуре присутствует ион железа(II). Вот изображение окрестности иона. Координационные связи с ним образуют 
три аминокислотных остатка белка (подписаны на изображении) и лиганд BPY (бифенил-2,3-диол).

Нажмите на изображение, чтобы увеличить

 

2.В записи 5RXN банка PDB представлены три L-треонина. Эти аминокислотные остатки содержат хиральный атом СB. 
Треонины 5 и 28 представляют собой R-изомеры (2S,3R), а треонин 7 - S-изомер (2S,3S). Последний стереоизомер редко встречается в природе 
и вряд ли мог бы присутствовать в белке.
Дата расшифровки структуры - 15.10.1984. Разрешение - 1,2 А (даны координаты атомов водорода).

 

Скрипт для получения изображения:

        
 
select mythr, resn thr
hide everything, not mythr
show sticks, mythr
label (mythr and name ca), resi
set label_color, white
set label_size, 20
ray

3.В записи 1GT0 в цепи C отсутствуют остатки с 78 по 97. Вероятно, этот участок плохо закристаллизовался.
Дата расшифровки структуры - 09.01.2002. Разрешение - 2,6 А. В поле REMARK упоминается о пропущенных остатках, но они не перечислены.



4.Запись 7GPB содержит четыре идентичные полипептидные цепи. Остатки с номерами 67 из этих четырёх цепей - триптофаны. 
У триптофана цепи D индольная группа не плоская. Это ошибка. 
Дата расшифровки структуры - 13.11.1990. Разрешение - 2,9 А.



Графические возможности PyMOL выше, чем у RasMol, также можно писать скрипты для PyMOL на Python. С другой стороны, с консолью RasMol 
проще обращаться: на мой взгляд, язык команд RasMol проще, чем в PyMOL.