Программы DSSP и HBplus

 
Я работала с белком из записи 1FL2 банка PDB. Программой DSSP я определила
вторичную структуру единственной представленной цепи A. Найдено: 19 бета-тяжей и 6 альфа-спиралей.
В описании, данном авторами записи, перечислены те же самые 19 бета-тяжей (полное соответствие) и 9 альфа-спиралей.
Из них 6 приблизительно соответствуют найденным DSSP (как правило, описанные в файле PDB длиннее найденных программой
на 1-2 остатка), а ещё три не были распознаны DSSP как альфа-спирали.

Следующие остатки имеют положительные значения угла PHI:

Глицин 219
Глицин 235
Глицин 246
Глицин 247
Серин 260	
Серин 287
Глицин 300
Глицин 310
Глицин 323
Аспарагин 330	
Треонин 339
Глицин 355	
Глицин 362
Аспарагин 411	
Глицин 421
Глицин 435	
Глицин 450	
Глицин 460	
Глицин 468	
Цистеин 476
Глицин 482
Глицин 487	
Аланин 521

Как можно видеть, большинство из них глицины. Остатки с положительным PHI часто располагаются в местах изгибов белковой цепи
и практически никогда - внутри элементов вторичной структуры.	

На изображении эти остатки отмечены синим цветом, альфа-спирали - зелёным, а бета-тяжи - красным. 



Обработав запись PDB программой HBPlus, я получила следующие данные о водородных связях:

1)примером водородных связей, стабилизирующих вторичную структуру, можно считать связи в одном из бета-слоёв

 

В файле выдачи HBPlus такие взаимодействия обозначены как MM (связи между полярными атомами основной цепи).

2) SS - связи между боковыми цепями
 
 

3) SM - между боковой цепью одного остатка и остовным атомом другого

 

4) SH и MH - между белком и флавинадениндинуклеотидом (FAD - раскрашен белым)

 

5) водяной мостик