Кристаллографическая симметрия

 
В записи 1MNM банка PDB описаны 6 молекул: двуцепочечная ДНК (цепи E,F), белок-регулятор транскрипции 
MCM1 (A,B) и белок-репрессор транскрипции MAT-ALPHA 2 (C,D). На данном изображении цепь D и атомы углерода
остатков, контактирующих с другими молекулами выделены жёлтым, основания ДНК, с которыми контактирует эта
цепь белка - голубым, а цепь A второго белка - белым.



Затем я восстановила симметрические образы молекул в записи с помощью возможностей PyMOL. На этой картинке видно,
что альфа-спираль цепи D образует связи с большой бороздкой ДНК.



Цепь D (жёлтая) также контактирует с цепями A (белые) из двух симметричных образов. Заметно, что в одном из случаев
элементы вторичной структуры цепей образуют связи, похожие на связи в бета-слое. 



Цепь C (розовая) белка MAT-ALPHA аналогичным образом взаимодействует с цепью B (голубая) второго белка. Положение
цепей в пространстве наводит на мысль, что два представленных белка могут различным образом взаимодействовать в
зависимости от того, согнута ДНК или нет.