Оценка качества структуры

 
Карта Рамачандрана из выдачи программы PROCHECK для записи PDB 1FL2



Предпочитаемые области отмечены как A, B, L.
Процент остатков (отличных от Gly и Pro), попавших в предпочитаемые области на карте - 87.9%.
Реальное распределение значений тросионных углов близко к теоретически оптимальному.

На странице моей структуры на сервере EDS приведены следующие данные:
	число остатков с высоким (>0.2) Z-score по RSR - 16 (5%)
	из них для анализа я выбрала аспартат-407



	RSR=0.286
	кэффициент корреляции для электронной плотности 0.638
	Z-score пространственного R-фактора 2.336617

Остаток не слишком удачно вписывается в ЭП: такое впечатление, что у него могли бы быть альтернативные конформации.

По сравнению с данными характеристиками характеристики полностью оптимизированной структуры
все R-values улучшились, так же как и большинство других параметров. Не изменилось число 
потенциальных доноров/акцепторов протона, незадействованных в водородных связях (Unsatisfied H-bond donors/acceptors).
Несколько ухудшилась конформация остова.

Ссылка на страничку оптимизированной структуры в PDB_REDO.

Изображение того же аспартата-407 в полностью оптимизированной структуре
(наложение: исходный остаток - зелёный, оптимизированный - голубой)



Остаток вписывается в электронную плотность немного логичней.
Таким образом, оптимизация структуры улучшила её качество по многим параметрам.