Пространственное выравнивание и совмещение

 
1.Совмещение цепей A из записей PDB 1HY0 и 1I0A по каждому из трёх доменов:

1)
1HY0 27-123 , 195-234 (белый)
1I0A 27-123 , 195-234 (красный)
RMSD= 0.371



2)
1HY0 124-194 , 235-364 , 437-463 (белый)
1I0A 124-194 , 235-364 , 437-463 (красный)
RMSD=0.409



3)
1HY0 365-436 (белый)
1I0A 365-436 (красный)
RMSD=0.527 



По отдельности все домены выравниваются очень хорошо, но пространственное выравнивание 
структур целиком было бы некорректным (высокое значение RMSD).

2.1)С помощью программы PDBeFOLD я построила структурное выравнивание цепей A из записей PDB 1AKH и 1W0T. 
Затем выравнивание отправила на вход сервиса Geometrical core и получила номера остатков, входящих в геометрическое ядро с порогом 2 A. 
Эти остатки я совместила в PyMOL командой pair_fit.



1AKH - красный, 1W0T - голубой

RMSD=0.865

2)Выравнивание полных цепей



RMSD=1.340

3)Выравнивание командой super



RMSD=2.186

Выдача align не соответствует данным о геометрическом ядре, выдачи pair_fit и super
очень похожи внешне. То есть, команда super неплохо справилась с выравниванием без сведений
о геометрическом ядре (несмотря на высокое значение RMSD общая картина передана верно).