Главная страница

Практикум 11

1 Поиск семейства доменов.

Случайным образом выбрал семейство доменов DndE.

2. Описание семейства доменов

a. ID: DndE
AC: PF08870
Функция: Предположительно это карбоксилаза.
b. full = 387
seed = 38
c. В семействе 9 доменных архитектур.
d. Я выбрал архитектуры L8LQH3_9CHRO (339 последовательностей) и A6EMC4_9BACT(19 последовательностей) e.

3D структура известна для 4-х структур.

f. Archaea: 11
bacteria: 376
g.

Профиль создан Oct 20 14:54:44 2021 В нем 112 позиций

3.Построение карты локальных сходств

Построим карту локальных сходств для L8LQH3_9CHRO и A6EMC4_9BACT

Из этой карты видно что произошел ряд делеций и вставок.

4. Выравнивание

Был скачен Full (387 Последовательностей). Затем были удалены на 90% сходные последовательности(осталось 242 последовательности). Далее было создано дерево, благодаря которому были выделены 2 крупные группы( желтая и зеденая) и несколько мелких. Проект Jalview

Координаты	Зеленая группа	Желтая группа
59-63	консервативный участок LCRWA	совпадение с Зеленой группой на 61 Колонка из R , на 63 колонка из A
67-68	консервативный участок SL	как у зеленой группы но по 68 заметны прерывания в закономерности
102	Консервативый участок E	Так же как у зеленой, но более частые прерывания
172-176	консервативный участок HLHRG	схранилось от зеленой 172 H и 176 G

5.Таблица

Таблица в Exel

Таблицу скачал со старой версии Uniprot. Различия начались уже на уровне бактерий и архей , поэтому я выбрал Taxonomic lineage (SUPERKINGDOM).