Приактикум 9

1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Putative regulator AbrB	ABRB_ECOLI	ABRB_BACSU	5.0	0.5	0.9	420	3
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta	ACCD_ECOLI	ACCD_BACSU	597.0	41.3	58.4	36	8
Acetyl-coenzyme A synthetase	ACSA_ECOLI	ACSA_BACSU	967.5	34.9	50.9	104	21

Для первого белка использовалось имя из протеома кишечной палочки.У сенной палочки это имя "Transition state regulatory protein AbrB".

2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Putative regulator AbrB	ABRB_ECOLI	ABRB_BACSU	27.0	36.4	81.8	0	0	3.1%	11.5%
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta	ACCD_ECOLI	ACCD_BACSU	614.0	48.5	66.5	5	3	85.2%	88.3%
Acetyl-coenzyme A synthetase	ACSA_ECOLI	ACSA_BACSU	968.5	36.7	53.2	77	20	95.1%	99.1%

В локальном выравнивание ABRB_ECOLI с ABRB_BACSU с лучшим весом длинна участка ABRB_ECOLI равна 258-248+1=11 . Длинна белка ABRB_ECOLI найденная командой
entret sw:ABRB_ECOLI -filter |grep 'ID '
равна 348.

3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Я выбрал мнемоники ACCD и ACSA у Кишечной палочки.

Глобальное выравнивание

Protein Name_1	Protein Name_2	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta	Acetyl-coenzyme A synthetase	ACCD_ECOLI	ACSA_ECOLI	24.5	9.7	19.3	404	18

Локальное выравнивание

Protein Name_1	Protein Name_2	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta	Acetyl-coenzyme A synthetase	ACCD_ECOLI	ACSA_ECOLI	45.0	19.7	34.7	34	7	43.8%	19.5%

4. Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Я выбрал мнемонику ACCD. Командой
entret 'sw:ACCD_*' -filter | grep ^ID | wc -l
я узнал что в Swiss-Prot белков с такой мнемоникой 488 (на вечер 26.07.2022). Командой
entret 'sw:ACCD_*' -filter | grep ^ID | grep -v 'ECOLI' | grep -v 'BACSU' | head -n5 | cut -f4 -d ' '
выбрал первые 5 белков с нужной мнемоникой ACCD исключая белки с этой мнемоникой для Кишечной и Сенной палочки.Это:

ACCD_RHILO
ACCD_PLAOC
ACCD_PIPCE
ACCD_NYMAL
ACCD_AETGR

Полное имя этого белка у Кишечной палочки :Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta. Выравнивание проводилось следующим образом: был создан текстовый файл ACCD_ID следующего содержания: sw:ACCD_ECOLI
sw:ACCD_BACSU
sw:ACCD_RHILO
sw:ACCD_PLAOC
sw:ACCD_PIPCE
sw:ACCD_NYMAL
sw:ACCD_AETGR
Затем парой последовательно прописанных команд был получен файл с выравниваниями:
seqret @ACCD_ID ACCD.fasta
muscle -in ACCD.fasta -out ACCD_alignment.fasta

Файл проекта Jalview

Я считаю что все 7 белков гомологичны т.к. начиная с 242 столбика у них есть много совпадений + у них одна мнемоника значит и одна функция.На глаз видно что у верхних 4-х белков гораздо больше совпадающих аминокислотных остатков(в частности столбцы 340 364 369 378 379).Самый консервативный участок который я заметил это FAG 447-449 столбцах.Он точно совпадает у всех 7 белков, првда он очень короткий.Самый длинный консервативный участок, который я заметил расположен на 380-456 столбцах. Заметно что у первых 4-х белков этот участок совпадает почти полностью. У 3-х нижних белков больше совпадений между собой. Можно предположить что первые 4 организма и оставшиеся 3 образуют две родственные группы.