Задание 1


Рис. 1 Глобальное выравнивание белков семейства HSP70 (команда needle)

Рис. 2 Локальное выравнивание белков семейства HSP70 (команда water)

Характеристики матрицы
Матрица EBLOSUM62
Штраф за открытие инделя 10
Штраф за удлинение инделя 0.5
Штраф за концевые гэпы 10
Штраф за удлинение концевого инделя 0.5

Характеристики выравниваний
Параметр Глобальное выравнивание Локальное выравнивание
Длина выравнивания 650 642
Число абсолютно консервативных позиций 286 284
Процент абсолютно консервативных позиций 44.0 44.2
Число функционально консервативных позиций 397 395
Процент функционально консервативных позиций 61.1 61.5
Число инделей 11 10
Число гэпов 47 45

Как видно из таблцы, результаты глобального и локального выравнивания почти одни и те же.Это связано с тем, что программе
изначально дали гомологичные участки. Именно поэтому использование локального выравнивания в данном случае нецелесобразно,
а, возможно, даже некорректно.

Задание 2

Параметр Выравнивание 1 Выравнивание 2 Выравнивание 3 Выравнивание 4 Выравнивание 5
Длина выравнивания 1293 1285 1377 1297 1356
Число абсолютно консервативных позиций 250 316 275 355 293
Процент абсолютно консервативных позиций 19.3 24.6 20.0 27.4 21.6
Число функционально консервативных позиций 482 517 486 466 534
Процент функционально консервативных позиций 37.3 40.2 35.3 35.9 39.4
Число инделей 32 41 29 36 31
Число гэпов 415 393 430 372 450


Рис. 3 Участок локалного выравнивания негомологичных белков (выравнивание 1)

Результаты выравнивания негомологичных белков, представленные выше, зачительно хуже, чем результаты выравнивания гомологов.

Задание 3


Рис. 4 Множественное, глобальное и локальное выравнивание двух белков

Различия выравниваний

1.В позициях 43 и 44 глобального выравнивания добавлены два единичных инделя
2.В позициях 211 и 215 глобального выравнивания добавлены два инделя длиной в 2 гэпа
3.В позициях 360 и 361 глобального выравнивания добавлены два единичных инделя

© Максим Григорьян, 2016