Задание 1

Гомологичные белки
Название белкаIDE-value Query cover, %Identity, %Гомология
Sialidase Q02834.1 3e-110 58 44да
Sialidase P31206.2 3e-18 46 28да
Sialidase P29767.17e-15 5326 да
Sialidase-1 P25257.1 5e-14 48 26да
Sialidase P0C6E9.18e-11 17 33да
Sialidase-3 Q9JMH7.1 3e-04 17 23 да
Sialidase P15698.10.002 32 26 да


Выравнивание белков с помощью tcoffee (первая группа) и Mafftws (вторая группа)




Различия в выравниваниях


1)В позиции 133 выравнивания tcoffee глутамин последовательности Q9JMH7.1 гомологичен треонинам, а выравнивание Mafftws ставит в гомологию этим же треонинам серин.
2)В позиции 350 выравнивания tcoffee треонин последовательности P31206.2 гомологичен аргининам, а выравнивание Mafftws ставит в гомологию этим же аргенинам валин.

Задание 2


Доменные структуры трёх белков семейства HTH_3




На рисунке представлены доменные структуры трёх белков семейства HTH_3. Эти три структуры отличаются между собой числом домена PF01381.
Домен встречается во всех белках семейства. Видимо, это связано с функциональной важностью участка. Аминокислотная последовательность
участка на прмере Z9JT31_9MICO представлена ниже:
IKARRTELRWSQAELAGRLGVSRQTVIAIENGKYDPSLPLAFKLATTFGVPLEE






© Максим Григорьян, 2016