Сборка de novo

Подготовка чтений программой trimmomatic

Рис. 1 Качество прочтения ридов изначального файла

Рис. 2 Качество прочтения после удаления адаптеров

Рис. 3 Качество прочтения после очистки

До удаления адаптеров файл содержал 7400155 прочтений и весил 746 М.
После удаления адаптеров файл содержал 7269852 прочтений и весил 733 М.
После очистки файл содержал 6993291 прочтений и весил 703 М.

Сборка контигов

Получившийся граф де Брайна имел 975 узлов, N50=31053. Информация о трёх самых длинных контигах представлена ниже:

Номер контига	Длина	Покрытие
5	82103	47.938394
2	70497	49.611544
6	49941	48.604493

Анализ сборки

Все контиги лежат на прямом прочтении. Интересно, что контиг 5 и 2, согласно выравниванию, перекрываются на 27
нуклеотидов. Скорее всего, это ошибка выравнивания. Для объединения этих двух контигов необходимо провести дополнительные
исследования Контиг 6 сильно удалён от двух предыдущих. Показатель идентичности весьма низок (75-81%), что мжно объяснить
высокой вариативностью штаммов бактерии

Номер контига	Координаты контига	Покрытие хромосомы	Identity
5	467412...529004	9%	77%
2	528977...594099	7%	81%
6	127825...173180	6%	75%

Рис. 4 Расположение пятого контига в хромосоме

Рис. 5 Расположение второго контига в хромосоме

Рис. 6 Расположение шестого контига в хромосоме