Практикум 3

Упражнение 1

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5'-901-907-3' 5'-966-972-3' 6 пар	предсказано 0 пар из 6 реальных	предсказано 5 пар из 6 реальных
D-стебель	5'-910-913-3' 5'-922-925-3' ' 6 пар	предсказано 0 пар из 6 реальных	предсказано 7 пар из 6 реальных
T-стебель	5'-949-953-3' 5'-961-965-3' 6 пар	предсказано 3 пары из 6 реальных	предсказано 6 пар из 6 реальных
Антикодоновый стебель	5'-939-944-3' 5'-926-931-3' 5 пар	предсказано 5 пар из 5 реальных	предсказано 8 пар из 5 реальных
Общее число канонических пар нуклеотидов	22	8	26

структура тРНК 1f7u

Контакты между белком и ДНК

Так как апплеты Jmol не работают, я приведу в отчёте только тексты скриптов. Первое упражнение
На основе второго скрипта, была создана таблица контактов между ДНК и белком, приведённая ниже:

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	5	41	46
остатками фосфорной кислоты	54	48	102
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	11	30	41
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	12

Интересно, что не было найдено ни одного взаимодействия белка с остатками азотистых оснований малой бороздки.
Больше всего контактов оказалось между остатками фосфорной кислоты, причём, несмотря на заряд остатков,
число взаимодействий неполярных атомов атомов было примерно равно числу полярных.

команда nucplot

Nucplot отказался строить схему контактов, поэтому приведу здесь таблицу 1tro_old.bond,
в которую занесены вся информация о контактах. Больше всего взаимодействий было с участием аргинина 69.
Самым важным для распознавания последовательности ДНК также является аргинин, так как он взаимодействует
с атомами самих оснований, а не фосфорно-сахарного остова.

Взаимодействие аргинина с гуанином

Взаимодействие лизина с тимином