Чтение последовательностей по Сэнгеру

Материалы

-Исходные хроматограммы (прямая, обратная )

-Вычищенные сиквенсы

-Выравненные последовательности

-Выравненные последовательности

Разбор ошибок

На каждой картинке показаны хроматограммы прямого и обратного прочтения. Неопределённый
нуклеотид показан буквой "N". Исправление показано ниже, в бурой рамке.

N необходимо заменить на A, так как на обратном риде с этим местом проблем не возникает.

N необходимо заменить на T, так как на обратном риде с этим местом проблем не возникает.

N необходимо заменить на A, так как на обратном риде с этим местом проблем не возникает.

Описание хроматограмм

Хроматограмма WSV22_COI_F_F01_WSBS-Seq-1-08-15 читаема на интервале 60:669.
Хроматограмма WSV22_COI_F_F02_WSBS-Seq-1-08-15 читаема на интервале 43:660 (обратное чтение).
Шум в среднем на порядок ниже сигнала. Максимальное значение сигнала превышает минимальное
не более, чем в 2 раза. Стоит отметить, что прямой рид уступает в качестве обратному.

Плохие хроматограммы

Приведённая выше хроматограмма не является информативной. Во-первых, её длина составляет
всего 40 пн. Скорее всего, матрица просто не попала в секвенцовую смесь. Во-вторых,
пики накладываются друг на друга. Короткие и накладывающиеся на друг друга сигналы,
скорее всего, являюся недоочищенными праймерами. Наконец, в начале хроматограммы виден
сильный сигнал гуанина, что является следствием попадания пятна красителя.