Практикум 10

Получение информации о КОГе белка ALV46586.1

Мой белок ALV46586.1 отмечен в бактерии Arthrobacter sp. Подробня информация о его Коге указана в таблице ниже:

Параметр	Значение
Идентификатор КОГ	COG4409
Величинa e-value для отнесения белка к данному КОГу	1.87e-76
Интервал обнаружения КОГ	67-438
Название КОГа	Neuraminidase (sialidase)
Название КОГа по-русски	Нейроамидаза (сиалидаза)

Визуализация геномного окружения

С помощью сервиса COGNAT осуществлялась визуализация геномного окружения. Мы произвели поиск COG4409, установив
значение Neighborhood Size равное 15, Occurrence Threshold (%) - 20, Taxonomy - да. В результате при
таких параметров никакого консервативного геномного окружения не было. Результат работы представлен здесь.

Отнесение белка нейроамидаы из Arthrobacter sp.A3 к терминам GO

Для моего белка была найдена ближайшая последовательность. Ей оказалась нейроамиаза Danio rerio. E-value находки составило 3.0e-14.
Были найдены термины GO для нейроамидазы Danio rerio. Они представлены в таблице ниже.

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
biological process	GO:0006689	ganglioside catabolic process	катаболизм ганглиозидов	IBA
biological process	GO:0009313	oligosaccharide catabolic process	катаболизм олигосахаридов	IBA
cellular component	GO:0005764	lysosome	лизосома	IBA
cellular component	GO:0016020	membrane	мембрана	IBA
molecular function	GO:0004308	exo-alpha-sialidase activity	экзо-альфа-сиалидазная активность	IEA, IBA

Основная функция нейроамидазы - гидролиз alpha-2->3-, alpha-2->6-, alpha-2->8-кетозидных связей. Следовательно, этот фермент участвует в разложении олигосахаридов,
и наверняка задействован в лизосоме. В мембране нейроамидаза также может выполнять свою функцию. Возможно, оа режет там олигосахариды клеточной стенки.
Достоверность терминов GO представлена в таблице ниже. Как видно, все термины имеют статусы достоверности IBA. Это неплохой уровень достоверности.

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
IEA	Inferred from Electronic Annotation	Данный код присваивается автоматически, без участия человека
IBA	Inferred from Biological aspect of Ancestor	Данный код присваивается на основании филогенетического анализа, вручную.