Практикум 3

Ортологи и паралоги

В этой работе я рассматривал ортологичные и паралогичные гены моих бактерий, а именно:

Название	Мнемоника
Proteus mirabilis	PROMPH
Pasteurella multocida	PASMU
Haemophilus influenzae	HAEIN
Vibrio fischeri	VIBFM
Vibrio cholerae	VIBCH
Yersinia pestis	YERPE
Yersinia pseudotuberculosis	YERPS

Геномы вышеназванных бактерий я обьединил в один файл и нашел белки, похожие на CLPX_ECOLI при помощи blastp с пороговым e-value 0.001.
Таких белков было найдено 25. их последовательности объединены в fasta-файл. Далее я построил дерево этих белков прри помощи Mega NJ с
бутстреп-поддержкой. В результате я поучил следующее дерево:

Как видно, ещё до разделения всех видов, один ген дуплицировался, образовав с течением времени два разных белка -- CLPX и HSLU. Последовательности
CLPX всех бактерий ортологичны друг- другу. Тоже самое можно сказать о белках HSLU. Паралоги отмечены на дереве красным, ортологи - зелёным.